More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0629 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0629  PP-loop domain protein  100 
 
 		 255 aa  530  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4975000000000002e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0615  C32 tRNA thiolase  100 
 
 		 255 aa  530  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0687614  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0711  C32 tRNA thiolase  83.87 
 
 		 252 aa  418  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0127  C32 tRNA thiolase  73.41 
 
 		 282 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3336  C32 tRNA thiolase  74.21 
 
 		 264 aa  382  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.167025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0671  C32 tRNA thiolase  58.8 
 
 		 259 aa  323  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.51504e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3499  C32 tRNA thiolase  65.29 
 
 		 269 aa  316  3e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00810912  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3479  C32 tRNA thiolase  50.79 
 
 		 258 aa  261  4.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.101099  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2544  PP-loop domain protein  48.12 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.203919  normal  0.870169 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0954  PP-loop domain protein  46.64 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0952  PP-loop domain protein  46.64 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0903  C32 tRNA thiolase  47.26 
 
 		 290 aa  232  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0949  C32 tRNA thiolase  46.5 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.744331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0227  C32 tRNA thiolase  43.8 
 
 		 312 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.384347  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3705  C32 tRNA thiolase  44.81 
 
 		 274 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248731  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  44.81 
 
 		 274 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0175  C32 tRNA thiolase  44.63 
 
 		 312 aa  225  7e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.186206 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1841  C32 tRNA thiolase  43.43 
 
 		 323 aa  224  7e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000126519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  44.81 
 
 		 274 aa  225  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  43.98 
 
 		 274 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  43.8 
 
 		 314 aa  223  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2962  C32 tRNA thiolase  43.98 
 
 		 274 aa  223  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.828296  normal  0.0229557 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0068  C32 tRNA thiolase  43.39 
 
 		 315 aa  222  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0060  C32 tRNA thiolase  43.39 
 
 		 315 aa  221  7e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.867348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2224  C32 tRNA thiolase  42.68 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00242897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33230  C32 tRNA thiolase  43.15 
 
 		 274 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1684  hypothetical protein  43.98 
 
 		 274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0875  PP-loop  43.15 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00139883  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4231  PP-loop domain-containing protein  42.74 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92927  normal  0.191142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0516  C32 tRNA thiolase  42.02 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.366068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4143  C32 tRNA thiolase  43.33 
 
 		 287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1203  C32 tRNA thiolase  43.57 
 
 		 274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2020  C32 tRNA thiolase  42.68 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  42.74 
 
 		 302 aa  218  6e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1243  C32 tRNA thiolase  43.15 
 
 		 274 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000805224 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2415  C32 tRNA thiolase  42.26 
 
 		 319 aa  217  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.170221  decreased coverage  0.000000170238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2230  PP-loop domain-containing protein  41.67 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.259403  normal  0.653141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0974  PP-loop domain protein  42.44 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2354  C32 tRNA thiolase  42.26 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4076  C32 tRNA thiolase  43.15 
 
 		 274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0228  C32 tRNA thiolase  42.34 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  42.26 
 
 		 319 aa  216  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1463  PP-loop domain-containing protein  43.15 
 
 		 316 aa  215  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1949  C32 tRNA thiolase  41.84 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1641  C32 tRNA thiolase  42.74 
 
 		 274 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.822283  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1995  C32 tRNA thiolase  42.68 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0619881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1247  C32 tRNA thiolase  40.66 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2221  C32 tRNA thiolase  41.84 
 
 		 316 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0815  PP-loop  42.02 
 
 		 338 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  41.56 
 
 		 336 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2210  C32 tRNA thiolase  39.68 
 
 		 322 aa  211  7e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000285606  normal  0.272334 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0554  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 313 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0494  C32 tRNA thiolase  40.66 
 
 		 317 aa  211  9e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0548366 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4497  C32 tRNA thiolase  39.68 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1573  C32 tRNA thiolase  41.6 
 
 		 307 aa  211  9e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539766  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2211  C32 tRNA thiolase  39.68 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000587998  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  41.49 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  41.15 
 
 		 331 aa  210  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2160  C32 tRNA thiolase  39.68 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00960533  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0505  PP-loop domain protein  40.66 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4089  C32 tRNA thiolase  40.34 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  41.15 
 
 		 336 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2016  C32 tRNA thiolase  41 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000499451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1959  C32 tRNA thiolase  41 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2224  C32 tRNA thiolase  39.68 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000167986  normal  0.0826377 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  41.67 
 
 		 334 aa  210  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1993  C32 tRNA thiolase  42.92 
 
 		 302 aa  210  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  41.67 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2117  C32 tRNA thiolase  41 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0387293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2974  PP-loop family protein  41.08 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1499  C32 tRNA thiolase  41.49 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2892  C32 tRNA thiolase  41.56 
 
 		 336 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1777  C32 tRNA thiolase  41.49 
 
 		 311 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101816 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  41.15 
 
 		 331 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02065  C32 tRNA thiolase  41.91 
 
 		 317 aa  210  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00588797  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1708  PP-loop domain protein  42.92 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1802  C32 tRNA thiolase  41.49 
 
 		 313 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1896  C32 tRNA thiolase  41.11 
 
 		 289 aa  209  3e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2206  C32 tRNA thiolase  41.49 
 
 		 313 aa  209  3e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.840796 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  41.18 
 
 		 311 aa  209  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1912  C32 tRNA thiolase  41.49 
 
 		 313 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1837  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.555568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1774  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1681  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.0209698 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0101  C32 tRNA thiolase  41.91 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  40.74 
 
 		 326 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  40.74 
 
 		 331 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  40.74 
 
 		 331 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01321  predicted C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2299  PP-loop domain protein  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00162169  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2880  hypothetical protein  42.32 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01331  hypothetical protein  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1558  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1993  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.800343 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1461  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1773  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2281  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.787518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1778  C32 tRNA thiolase  41.08 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  41.91 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  40.66 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>