230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0079 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0078  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  143  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0389379  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0079  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.556141  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0075  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.29937  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0006  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.588385  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0037  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000985709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0040  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000154862  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0042  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0070  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.361889  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0053  tRNA-Gly  95.08 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000895644  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0036  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0038  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0048  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0062  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000167826  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0043  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0622835 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0056  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515386  normal  0.717167 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0032  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0192134 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0018  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0071  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00174778  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0031  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0085  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0041  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000613233  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0043  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000854209  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0070  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0051  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0052  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0052  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0050  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0064  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.729531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0062  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.588176  normal  0.0646028 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0038  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499148  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0041  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00225081  hitchhiker  0.00893878 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14880  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.67591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00820  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.193578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0027  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425018 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0024  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0016  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0044  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.363029  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0025  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.627551 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0028  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14032  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0060  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.481193  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0023  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0039  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.433295  normal  0.207379 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0018  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.746026  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0051  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273247  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000588237  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0612672  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0028  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000877648  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0177  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0044  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309363  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0002  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.231907  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0002  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0281  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000381106  hitchhiker  0.0000254958 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1578  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1613  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.610826 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0026  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0170  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309288  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0313014 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0030  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0059  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336039  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0085  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>