237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Met-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0001  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0012  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000647679  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0005  tRNA-Met  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0007  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0027  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.800046  normal  0.352894 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0024  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000171351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0043  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.50689  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0045  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0018  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583906 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0016  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000151702  hitchhiker  0.0080631 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0083  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0012  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0037  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0031  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0074  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0141548  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0084  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-4  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5645  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000266737  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5723  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00377961  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4994  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00371992  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.7 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443451  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237945  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-7  tRNA-Met  90.7 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000430369  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5025  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000564951  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5810  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00215363  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0068  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0134  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00862891  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0071  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131977  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0221  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000903582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0053  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0013  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0130  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0053  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.744028  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5249  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000109559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0013  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0203721  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5628  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00010832  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0050  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000010044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0026  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244798  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0054  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0049  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0025  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  88.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>