136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6124 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6124  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
138 aa  283  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430831  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1429  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.28 
 
 
138 aa  149  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.165331  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.33 
 
 
144 aa  85.5  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.198045  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2604  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.16 
 
 
144 aa  84  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2892  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.09 
 
 
141 aa  84  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3564  hypothetical protein  35.43 
 
 
141 aa  80.5  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1138  hypothetical protein  30.77 
 
 
142 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.558369  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2755  hypothetical protein  30.77 
 
 
142 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2911  hypothetical protein  30.77 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0499229  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0312  hypothetical protein  30.77 
 
 
192 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00457617  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.14 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4517  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.15 
 
 
150 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463989  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4252  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
150 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.91 
 
 
130 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  30.89 
 
 
129 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7853  hypothetical protein  40.26 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.648983  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  33.96 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.96 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.58 
 
 
135 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.97 
 
 
149 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.8 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0405  hypothetical protein  30.77 
 
 
143 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.56 
 
 
137 aa  53.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.6 
 
 
140 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  29.09 
 
 
137 aa  52.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.2 
 
 
131 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.09 
 
 
137 aa  52.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.2 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.37 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.94 
 
 
130 aa  52  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.2 
 
 
131 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  29.66 
 
 
137 aa  52  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
139 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.95 
 
 
137 aa  51.6  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0289  hypothetical protein  25.17 
 
 
160 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.93 
 
 
135 aa  51.2  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.13 
 
 
132 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  30.6 
 
 
148 aa  50.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.9 
 
 
153 aa  50.8  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  26.72 
 
 
133 aa  50.4  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1578  hypothetical protein  30 
 
 
170 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418396  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
146 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0067  hypothetical protein  25.76 
 
 
138 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.610268  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0522  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.92 
 
 
124 aa  48.9  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.288111  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.61 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.61 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
153 aa  48.9  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.4 
 
 
131 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0305  hypothetical protein  24.49 
 
 
160 aa  48.9  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  36.11 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  31.13 
 
 
130 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1980  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.21 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504481 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.97 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.53 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.05 
 
 
136 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.91 
 
 
130 aa  47  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.93 
 
 
144 aa  47  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  26.83 
 
 
136 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0321  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.57 
 
 
154 aa  46.2  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.457074  hitchhiker  0.00769864 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
162 aa  45.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.56 
 
 
166 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
128 aa  45.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.72 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  32.14 
 
 
115 aa  45.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  28.3 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  30 
 
 
126 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.45 
 
 
130 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.81 
 
 
136 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.13 
 
 
130 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.7 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.97 
 
 
130 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.81 
 
 
133 aa  44.7  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.64 
 
 
162 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2565  hypothetical protein  28.42 
 
 
157 aa  44.7  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  26.45 
 
 
133 aa  44.3  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
135 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.87 
 
 
161 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  27.27 
 
 
142 aa  43.9  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  29.27 
 
 
141 aa  43.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.25 
 
 
129 aa  43.5  0.0009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.09 
 
 
124 aa  43.5  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.25 
 
 
124 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.97 
 
 
165 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.17 
 
 
132 aa  43.5  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.93 
 
 
154 aa  43.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.13 
 
 
123 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1327  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.57 
 
 
130 aa  43.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.85 
 
 
136 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.41 
 
 
137 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  32.1 
 
 
137 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
162 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.7 
 
 
166 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  37.33 
 
 
131 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.43 
 
 
154 aa  42.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.71 
 
 
154 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.17 
 
 
147 aa  42.4  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
133 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.95 
 
 
136 aa  42  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.47 
 
 
134 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>