45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3083 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3083  protein of unknown function DUF201  100 
 
 		 380 aa  759    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2608  hypothetical protein  49.34 
 
 		 386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0133551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5947  hypothetical protein  39.83 
 
 		 393 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095496 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2432  hypothetical protein  38.52 
 
 		 402 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6483  hypothetical protein  37.11 
 
 		 407 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.422069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3151  hypothetical protein  38.27 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0260  hypothetical protein  32.41 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1659  hypothetical protein  35.2 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256819  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2862  hypothetical protein  33.79 
 
 		 380 aa  157  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2165  protein of unknown function DUF201  36.81 
 
 		 412 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111476  normal  0.292956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3534  hypothetical protein  32.61 
 
 		 391 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2386  protein of unknown function DUF201  31.37 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1830  hypothetical protein  34.25 
 
 		 374 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1781  protein of unknown function DUF201  34.44 
 
 		 378 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5779  hypothetical protein  35.34 
 
 		 384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0168364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6003  protein of unknown function DUF201  35.26 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.866607  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0529  hypothetical protein  36.07 
 
 		 383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.865986 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2022  protein of unknown function DUF201  27.5 
 
 		 425 aa  99.4  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1666  hypothetical protein  25.6 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0197  hypothetical protein  22.81 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1278  hypothetical protein  25.58 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.422818  normal  0.140099 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1523  hypothetical protein  26.95 
 
 		 357 aa  72.4  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2798  hypothetical protein  26.97 
 
 		 366 aa  72.4  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.105487 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0457  hypothetical protein  23.64 
 
 		 357 aa  65.9  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.764291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0371  hypothetical protein  22.73 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000731332  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2010  protein of unknown function DUF201  22.75 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal  0.206685 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2669  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.41 
 
 		 1069 aa  50.8  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1440  hypothetical protein  23.68 
 
 		 302 aa  47  0.0005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.357308  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0329  hypothetical protein  24.68 
 
 		 302 aa  47  0.0006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1583  hypothetical protein  21.69 
 
 		 302 aa  46.6  0.0007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3018  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  23.92 
 
 		 1074 aa  45.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13230  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  21.08 
 
 		 1093 aa  45.8  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.94923  normal  0.975818 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0222  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  27.62 
 
 		 1073 aa  46.2  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.256001  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0709  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25.89 
 
 		 1073 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0416816 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1043  hypothetical protein  24.62 
 
 		 302 aa  46.2  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0448  hypothetical protein  21.64 
 
 		 311 aa  45.1  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00145655  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0916  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  24.7 
 
 		 1038 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.150361 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2886  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.62 
 
 		 1082 aa  44.7  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.827795  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0060  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  29.56 
 
 		 1065 aa  44.3  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4724  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25 
 
 		 1073 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4723  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25 
 
 		 1073 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4589  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25 
 
 		 1055 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1981  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  26.05 
 
 		 1078 aa  43.1  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00635498 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1298  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  23.68 
 
 		 1093 aa  43.1  0.008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0243124 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12690  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  24.64 
 
 		 1118 aa  42.7  0.009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0359466  normal  0.0639836 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>