69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3376 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3376  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  100 
 
 		 98 aa  204  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4908  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  71.28 
 
 		 104 aa  129  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.269045 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1653  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  59.79 
 
 		 95 aa  108  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1578  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  59.79 
 
 		 95 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1935  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  58.76 
 
 		 95 aa  105  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1948  sarcosine oxidase, delta subunit  50 
 
 		 87 aa  87  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.593467 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1142  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  50.59 
 
 		 91 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.432537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4701  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  51.19 
 
 		 90 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.63814 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2265  putative sarcosine oxidase  48.84 
 
 		 87 aa  77.4  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.437713 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2365  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  45.35 
 
 		 97 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3446  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  47.73 
 
 		 87 aa  74.7  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.972613  normal  0.507258 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1102  sarcosine oxidase subunit delta  39.8 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2637  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  44.33 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7232  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  44.68 
 
 		 93 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393713  normal  0.0417746 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3505  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  43.9 
 
 		 99 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5068  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  43.9 
 
 		 103 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4545  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  43.9 
 
 		 103 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1861  sarcosine oxidase, delta subunit  43.9 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1953  sarcosine oxidase delta subunit  43.9 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5129  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  42.68 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  0.549971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3217  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.68 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00204366  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5049  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  41.24 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43634  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5150  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.68 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5634  sarcosine oxidase, delta subunit family  41.67 
 
 		 93 aa  70.1  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0997  sarcosine oxidase delta subunit (sarcosine oxidasesubunit D)  42.68 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.97807  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0047  sarcosine oxidase subunit delta  43.9 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3332  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  43.59 
 
 		 99 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.508488 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2146  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  47.13 
 
 		 92 aa  70.1  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0394  sarcosine oxidase, delta chain  42.68 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5745  sarcosine oxidase delta subunit  43.59 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.576459  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1599  SoxD  41.46 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0487  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.24 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4829  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  41.46 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3288  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.56 
 
 		 92 aa  65.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.803176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3857  sarcosine oxidase delta subunit family protein  42.17 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.024092  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0944  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  41.77 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3703  sarcosine oxidase delta subunit family protein  37.35 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71490  sarcosine oxidase delta subunit  41.1 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18820  sarcosine oxidase, delta subunit family, heterotetrameric form  35.35 
 
 		 101 aa  51.2  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6205  sarcosine oxidase delta subunit  42.65 
 
 		 106 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2759  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.62 
 
 		 99 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5206  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  44.12 
 
 		 109 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0459  sarcosine oxidase, delta subunit  39.44 
 
 		 98 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4130  sarcosine oxidase delta subunit family protein  35.62 
 
 		 108 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4714  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  39.44 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2479  sarcosine oxidase, delta subunit  37.88 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4883  sarcosine oxidase delta subunit family protein  41.18 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.437416 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4033  sarcosine oxidase, delta subunit  37.88 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3594  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.57 
 
 		 136 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0346  sarcosine oxidase delta subunit family protein  41.18 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.670889  normal  0.611429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0347  sarcosine oxidase delta subunit family protein  41.18 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418659  normal  0.928034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0324  sarcosine oxidase, delta subunit family  41.18 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.434954  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3473  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.75 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0999  sarcosine oxidase delta subunit family protein  47.37 
 
 		 130 aa  47.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2882  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.57 
 
 		 104 aa  47.4  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.245307  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4047  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.25 
 
 		 117 aa  46.2  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2223  sarcosine oxidase, delta subunit  32.58 
 
 		 101 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.075744  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2495  sarcosine oxidase subunit D  31.82 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403118  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0970  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  34.62 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3992  sarcosine oxidase, delta subunit family  36 
 
 		 114 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3392  sarcosine oxidase, delta subunit family  36 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0969492  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5915  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  28.92 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892055 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2451  sarcosine oxidase, delta subunit  31.4 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164476  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2751  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.92 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0868  sarcosine oxidase delta subunit family protein  33.33 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4032  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.67 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.110857 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0514  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.5 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2103  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  30 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658737 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2185  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.5 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>