175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0003 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.760714  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0032  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0044  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0046  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0044  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0039  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0042  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0008  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0007  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.864337  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0047  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309207  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0045  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309383  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120568 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  95 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309271  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0001  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0781  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0621969  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0017  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0029  tRNA-Gly  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0035  tRNA-Gly  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0001  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0149399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>