23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1874 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1874  hypothetical protein  100 
 
 		 885 aa  1811    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.556351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1641  hypothetical protein  98.08 
 
 		 885 aa  1786    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.118631 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2085  hypothetical protein  25.08 
 
 		 1221 aa  125  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1315  hypothetical protein  25.08 
 
 		 1221 aa  125  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3342  hypothetical protein  22.83 
 
 		 849 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.696824  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1994  phage tail fiber protein  24.59 
 
 		 1564 aa  97.4  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.38979  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2990  hypothetical protein  25.49 
 
 		 1153 aa  87.8  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0630  hypothetical protein  22.6 
 
 		 1253 aa  79.3  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1583  hypothetical protein  30.37 
 
 		 1329 aa  77.4  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.917708 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2089  host specificity protein J, internal deletion  25.6 
 
 		 1093 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0154474  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4041  host specificity protein J, internal deletion  25.6 
 
 		 1093 aa  75.1  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0753321  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0785  carbohydrate-binding family V/XII protein  35.44 
 
 		 1221 aa  72.4  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2576  Protein of unknown function DUF1983  40.43 
 
 		 1816 aa  68.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.191174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3392  hypothetical protein  26.64 
 
 		 2400 aa  68.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000447967 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0094  fibronectin type III domain-containing protein  35.77 
 
 		 1543 aa  66.6  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000020422 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08300  putative phage-related protein, tail component  31.25 
 
 		 1219 aa  64.7  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627181  hitchhiker  0.0000838912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2940  prophage LambdaSo, host specificity protein J, putative  27.55 
 
 		 1341 aa  63.9  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2232  Phage-related protein tail component-like protein  24.52 
 
 		 1915 aa  60.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1353  hypothetical protein  25.74 
 
 		 1830 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.169876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0298  hypothetical protein  26.52 
 
 		 1570 aa  58.2  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.620939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1315  hypothetical protein  29.02 
 
 		 702 aa  55.1  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1634  hypothetical protein  26.79 
 
 		 1133 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.154038  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2426  type III fibronectin  33.86 
 
 		 1188 aa  45.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.506749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>