More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1620 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1620  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  142  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.246445 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  82.61 
 
 		 70 aa  121  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  78.26 
 
 		 70 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  78.26 
 
 		 70 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 70 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  73.53 
 
 		 71 aa  106  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 71 aa  105  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 70 aa  103  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 		 71 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 		 71 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2135  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24851  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 71 aa  99.8  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  67.16 
 
 		 83 aa  95.9  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  67.16 
 
 		 71 aa  95.5  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 71 aa  95.5  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 71 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 		 69 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 68 aa  84  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 68 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  63.08 
 
 		 69 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 		 69 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 		 77 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 		 68 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 		 68 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  63.49 
 
 		 68 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 69 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.91 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  63.49 
 
 		 77 aa  82  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 		 68 aa  82  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.91 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.91 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 69 aa  81.6  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 71 aa  81.6  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  62.69 
 
 		 68 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3853  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 		 69 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 68 aa  80.1  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2533  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 69 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 70 aa  80.1  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 		 69 aa  79.7  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  59.38 
 
 		 68 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 		 69 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2219  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.33 
 
 		 68 aa  79  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  59.38 
 
 		 69 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  58.73 
 
 		 68 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 		 68 aa  78.2  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 		 69 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  58.46 
 
 		 69 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 		 69 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 		 70 aa  78.2  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 75 aa  77.8  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.62 
 
 		 73 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 		 69 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.8  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0270  cold-shock DNA-binding domain protein  64.29 
 
 		 67 aa  77.4  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  54.29 
 
 		 67 aa  77.4  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  58.21 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  58.21 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  59.09 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0003  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 67 aa  77.4  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 		 69 aa  77  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 		 69 aa  77  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 		 68 aa  77  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  58.21 
 
 		 69 aa  77  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 		 69 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  59.42 
 
 		 69 aa  77  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  52.94 
 
 		 70 aa  76.6  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  76.6  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  59.7 
 
 		 69 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>