47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0876 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 285 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  99.3 
 
 		 285 aa  585  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  83.16 
 
 		 285 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  74.53 
 
 		 285 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  74.91 
 
 		 286 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  74.16 
 
 		 286 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  74.53 
 
 		 285 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  71.27 
 
 		 285 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  60.08 
 
 		 286 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  51.26 
 
 		 270 aa  245  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 226 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  36.4 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  36.04 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  36.36 
 
 		 257 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  34.21 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.66 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  34.22 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 260 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.8 
 
 		 2213 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.3 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  30.87 
 
 		 241 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  30.87 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  30.87 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  32.19 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  31.28 
 
 		 246 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  30 
 
 		 247 aa  97.1  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  29.88 
 
 		 260 aa  94  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  29.18 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  27.75 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.07 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.07 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  22.97 
 
 		 233 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  20.93 
 
 		 263 aa  48.5  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 270 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  21.65 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  24.51 
 
 		 250 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  21.61 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  21.65 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  21.61 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  23.51 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  21.37 
 
 		 251 aa  43.5  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  23.83 
 
 		 248 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  23.83 
 
 		 248 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 252 aa  43.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  23.83 
 
 		 248 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  24.14 
 
 		 250 aa  42.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.7 
 
 		 303 aa  42.7  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>