120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1847 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  100 
 
 
184 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  77.65 
 
 
179 aa  295  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  78.65 
 
 
179 aa  295  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  75.84 
 
 
178 aa  286  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  76 
 
 
175 aa  286  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  76 
 
 
183 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  74.86 
 
 
183 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  74.86 
 
 
183 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  74.86 
 
 
183 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  72.13 
 
 
183 aa  276  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  74.29 
 
 
183 aa  275  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  73.71 
 
 
183 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  73.71 
 
 
183 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  71.04 
 
 
183 aa  270  8.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  70.45 
 
 
178 aa  264  5e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  65.17 
 
 
178 aa  256  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  38.24 
 
 
176 aa  131  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  37.71 
 
 
180 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.81 
 
 
187 aa  121  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  33.53 
 
 
175 aa  118  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.88 
 
 
180 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  34.3 
 
 
180 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  37.42 
 
 
186 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  37.42 
 
 
228 aa  115  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  36.59 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  36.59 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.59 
 
 
212 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.59 
 
 
212 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  36.59 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.59 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.59 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.59 
 
 
212 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.59 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.97 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.97 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.97 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.97 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.97 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 
204 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 
204 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.06 
 
 
175 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.56 
 
 
175 aa  106  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  41.61 
 
 
183 aa  105  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  40.98 
 
 
204 aa  103  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  32.97 
 
 
189 aa  103  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  40.58 
 
 
183 aa  102  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  30.86 
 
 
184 aa  101  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  33.14 
 
 
179 aa  100  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.64 
 
 
183 aa  99.8  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.55 
 
 
177 aa  98.6  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  25.84 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  26.9 
 
 
189 aa  67.8  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.85 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.24 
 
 
181 aa  66.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  26.63 
 
 
185 aa  67  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  27.01 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  25.86 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  26.16 
 
 
186 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  26.16 
 
 
186 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.16 
 
 
186 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  23.43 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  27.33 
 
 
181 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  26.01 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  24.71 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.58 
 
 
186 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51280  hypothetical protein  24.42 
 
 
185 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000412159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.42 
 
 
186 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.26 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4388  hypothetical protein  23.26 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  24 
 
 
186 aa  59.7  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  24.42 
 
 
187 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  27.11 
 
 
385 aa  58.2  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.75 
 
 
186 aa  58.2  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.56 
 
 
188 aa  58.2  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.42 
 
 
187 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  24.07 
 
 
172 aa  56.6  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  21.79 
 
 
179 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  22.62 
 
 
184 aa  55.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  21.59 
 
 
208 aa  55.5  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  21.59 
 
 
191 aa  55.8  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  25.71 
 
 
177 aa  55.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  22.09 
 
 
171 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  24.07 
 
 
165 aa  55.1  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  22.35 
 
 
165 aa  55.1  0.0000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  33.08 
 
 
181 aa  55.1  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.64 
 
 
165 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  22.35 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  22.09 
 
 
172 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  25 
 
 
159 aa  52.4  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  26.51 
 
 
178 aa  51.6  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  27.43 
 
 
173 aa  50.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.12 
 
 
183 aa  50.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  27.43 
 
 
173 aa  50.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1534  hypothetical protein  34.72 
 
 
90 aa  49.7  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.93 
 
 
172 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.93 
 
 
172 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  24.86 
 
 
181 aa  48.5  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  22.7 
 
 
172 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0918  hypothetical protein  33.33 
 
 
90 aa  48.5  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0844317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>