34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0023 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  91.14 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4326  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92812  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0025  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0121967  normal  0.525064 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0013  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0899953 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>