195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2618 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2618  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
138 aa  291  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2517  hypothetical protein  85.93 
 
 
138 aa  255  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570745  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0942  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  73.19 
 
 
144 aa  223  7e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.583327  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60.74 
 
 
141 aa  191  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.59 
 
 
144 aa  150  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50 
 
 
143 aa  151  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  47.37 
 
 
151 aa  147  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.93 
 
 
140 aa  147  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.78 
 
 
153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.12 
 
 
141 aa  143  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.38 
 
 
141 aa  143  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.75 
 
 
140 aa  134  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44.68 
 
 
143 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.08 
 
 
134 aa  127  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947036  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4363  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.85 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3196  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.08 
 
 
134 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.22 
 
 
135 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.4 
 
 
135 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.52 
 
 
137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.68 
 
 
135 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  39.68 
 
 
162 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.46 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2421  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.17 
 
 
146 aa  104  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1172  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.66 
 
 
144 aa  103  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  35.56 
 
 
145 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.56 
 
 
145 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.07 
 
 
145 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43799  predicted protein  36.03 
 
 
149 aa  88.2  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003386  hypothetical protein  43.62 
 
 
94 aa  84  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0485  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.81 
 
 
143 aa  79.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.231758  normal  0.0484471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  33.91 
 
 
126 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0250  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.82 
 
 
152 aa  65.5  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.23 
 
 
140 aa  65.1  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
131 aa  62.8  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.9 
 
 
132 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.43 
 
 
135 aa  60.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3564  hypothetical protein  29.41 
 
 
141 aa  60.5  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2892  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
141 aa  60.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.16 
 
 
136 aa  58.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  26.72 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.09 
 
 
123 aa  59.3  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2604  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
144 aa  57.4  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.82 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  30.1 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.55 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.198045  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25 
 
 
132 aa  55.1  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.58 
 
 
162 aa  53.9  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.97 
 
 
160 aa  53.9  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.64 
 
 
131 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.31 
 
 
154 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
132 aa  53.5  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.76 
 
 
135 aa  53.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.93 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.65 
 
 
131 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.04 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1688  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.22 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.82122 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1751  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.22 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591601  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.74 
 
 
162 aa  52.4  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.06 
 
 
163 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1690  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.22 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165527  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1588  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.22 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1769  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.22 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.868913  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.48 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.07 
 
 
137 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  34.07 
 
 
137 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.18 
 
 
166 aa  51.2  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  26.67 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  37.97 
 
 
129 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  38.64 
 
 
147 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  36.56 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.57 
 
 
129 aa  51.2  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  28.79 
 
 
155 aa  51.2  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
136 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.48 
 
 
128 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  33.33 
 
 
130 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.64 
 
 
147 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
136 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.57 
 
 
138 aa  50.1  0.000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0720631 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.97 
 
 
133 aa  50.1  0.000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.82 
 
 
132 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.8 
 
 
136 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.66 
 
 
128 aa  50.1  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.18 
 
 
166 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.41 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.97 
 
 
137 aa  48.9  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  33.73 
 
 
135 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.77 
 
 
138 aa  49.3  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.57 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.98 
 
 
166 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.45 
 
 
162 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
158 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  30.19 
 
 
162 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.73 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  23.2 
 
 
142 aa  49.3  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  29.51 
 
 
131 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.44 
 
 
154 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.68 
 
 
154 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.61 
 
 
130 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>