260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0034 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  88.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0035  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>