24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2989 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2989  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 88 aa  183  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1405  hypothetical protein  53.85 
 
 		 68 aa  73.9  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00110719  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1211  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 71 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1971  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 105 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320655  normal  0.0438636 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01955  hypothetical protein  40.3 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3398  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1854  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0214862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3982  helix-turn-helix domain-containing protein  42.25 
 
 		 75 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000105146  normal  0.107406 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0763  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.042345  normal  0.213229 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  31.17 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  31.17 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  31.17 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1039  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 264 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000101655  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  31.17 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.39 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0118  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0240  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 81 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000370797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  36.73 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  41.86 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 163 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 100 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>