50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4201 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4201    100 
 
 		 1525 bp  3023    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.308634  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3099  integrase catalytic subunit  79.46 
 
 		 1533 bp  200  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.277104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0739  integrase catalytic subunit  79.46 
 
 		 1533 bp  200  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.281393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0831  integrase catalytic subunit  79.46 
 
 		 1533 bp  200  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1214  integrase catalytic subunit  79.46 
 
 		 1533 bp  200  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5321  ISPsy20, transposase IstA  81.47 
 
 		 1506 bp  139  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3052  integrase catalytic subunit  80.8 
 
 		 1515 bp  119  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.96491 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5542    82.56 
 
 		 614 bp  117  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652635 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0070  transposase  84 
 
 		 1512 bp  89.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.177477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4455  putative transposase  84 
 
 		 1512 bp  89.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3173  Integrase catalytic region  81.12 
 
 		 1491 bp  87.7  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4866  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2899  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2556  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3299  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4956  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0004  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3204  integrase catalytic subunit  83.59 
 
 		 1506 bp  87.7  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1070  Integrase catalytic region  81.12 
 
 		 1491 bp  87.7  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.47791  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2408  Integrase catalytic region  81.12 
 
 		 1491 bp  87.7  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1464  putative transposase  85.71 
 
 		 1494 bp  83.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2997  putative transposase  85.71 
 
 		 1494 bp  83.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3304  putative transposase  85.71 
 
 		 1494 bp  83.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.299203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2113  Integrase catalytic region  78.53 
 
 		 1512 bp  79.8  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0130  transposase  79.06 
 
 		 1509 bp  67.9  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1107    97.22 
 
 		 1499 bp  63.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6519  integrase catalytic region  97.22 
 
 		 1500 bp  63.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126482 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1039  Integrase catalytic region  97.14 
 
 		 1491 bp  61.9  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0651609  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5144    90.2 
 
 		 147 bp  61.9  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.242113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2077  IstB-like ATP-binding protein  97.14 
 
 		 1071 bp  61.9  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3923  integrase catalytic subunit  97.06 
 
 		 1500 bp  60  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3056  integrase catalytic subunit  97.06 
 
 		 1500 bp  60  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.278904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3045  integrase catalytic subunit  97.06 
 
 		 1500 bp  60  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5108  hypothetical protein  97.06 
 
 		 195 bp  60  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271897  normal  0.125483 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0850  integrase catalytic subunit  89.8 
 
 		 1515 bp  58  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.314158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0433  integrase catalytic subunit  89.8 
 
 		 1515 bp  58  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.230494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0566  integrase catalytic region  94.59 
 
 		 1506 bp  58  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0554  integrase catalytic region  94.59 
 
 		 1506 bp  58  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2498    94.44 
 
 		 1086 bp  56  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0155  transposase IstA for insertion sequence IS1326  94.44 
 
 		 1524 bp  56  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.791462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3714  integrase catalytic subunit  96.88 
 
 		 1500 bp  56  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16715  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0901  integrase catalytic subunit  96.88 
 
 		 1500 bp  56  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0261682  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3914  integrase catalytic subunit  94.29 
 
 		 1500 bp  54  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0789  integrase catalytic subunit  94.29 
 
 		 1500 bp  54  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.972954  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0318  integrase catalytic subunit  94.29 
 
 		 1500 bp  54  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4688  Integrase catalytic region  94.29 
 
 		 1527 bp  54  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1042  Integrase catalytic region  94.29 
 
 		 1527 bp  54  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.861303  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3365  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 1527 bp  52  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0483  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 1527 bp  52  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3235  integrase catalytic subunit  90.24 
 
 		 1527 bp  50.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>