48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00891 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  100 
 
 		 226 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  62.79 
 
 		 222 aa  270  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  59.07 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  59.72 
 
 		 225 aa  261  6.999999999999999e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  57.47 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  58.69 
 
 		 244 aa  251  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  57.75 
 
 		 222 aa  248  6e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  62.16 
 
 		 192 aa  225  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  47.91 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.78 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.08 
 
 		 227 aa  172  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.34 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.79 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.54 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.78 
 
 		 232 aa  161  6e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  41.55 
 
 		 230 aa  161  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.01 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.08 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.52 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 228 aa  158  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  41.28 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  37.96 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.57 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.35 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.87 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.57 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  35.94 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  37.04 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  38.32 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.87 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.87 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.87 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  37.44 
 
 		 243 aa  128  9.000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.72 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.74 
 
 		 222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.33 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.16 
 
 		 220 aa  125  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.81 
 
 		 241 aa  118  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.79 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  32.81 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.59 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  36 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.94 
 
 		 117 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7184  hypothetical protein  26.09 
 
 		 114 aa  45.8  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00083375  normal  0.803143 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.38 
 
 		 117 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  25.74 
 
 		 132 aa  42.7  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3657  hypothetical protein  44.64 
 
 		 154 aa  42.4  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1626  hypothetical protein  44.64 
 
 		 154 aa  42  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0672235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>