36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1171 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1171  putative hydrogenase expression/formation protein HupJ  100 
 
 		 176 aa  344  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1163  HupJ protein  62.5 
 
 		 174 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0481257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3764  putative hydrogenase expression/formation protein HupJ  57.64 
 
 		 179 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2004  hydrogenase expression/formation  50.62 
 
 		 167 aa  114  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0503  hypothetical protein  39.86 
 
 		 252 aa  85.5  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7258  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  41.41 
 
 		 226 aa  85.1  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.453683  normal  0.45859 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2180  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42.98 
 
 		 304 aa  85.1  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0673995  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2154  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  39.16 
 
 		 252 aa  84.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.29194  normal  0.080172 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3105  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  40 
 
 		 283 aa  82  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.937161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1966  hypothetical protein  40.77 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.45855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3368  HupH hydrogenase expression protein  39.5 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536952  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1157  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  34.76 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2818  hypothetical protein  43.07 
 
 		 230 aa  78.2  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4094  hypothetical protein  38.31 
 
 		 165 aa  77  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.69293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1288  hypothetical protein  44.35 
 
 		 158 aa  76.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159615  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3981  HupJ protein  36.92 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2021  hypothetical protein  34.92 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3968  hypothetical protein  35.76 
 
 		 183 aa  70.9  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50510  hydrogenase expression/formation protein HoxT  38.06 
 
 		 153 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.024437  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2498  hypothetical protein  37.7 
 
 		 215 aa  67.4  0.00000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.679047  normal  0.11682 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3172  hydrogenase 2-specific chaperone  32.11 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0704  hydrogenase-2 operon protein HybE  32.71 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3419  hydrogenase 2-specific chaperone  32.71 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02817  hypothetical protein  32.71 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0701  hydrogenase 2-specific chaperone  32.71 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3461  hydrogenase 2-specific chaperone  32.71 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02868  hydrogenase 2-specific chaperone  32.71 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3278  hydrogenase 2-specific chaperone  31.78 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2529  hydrogenase 2-specific chaperone  33.91 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1415  hydrogenase 2-specific chaperone  33.33 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4304  hydrogenase 2-specific chaperone  31.48 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3392  hydrogenase 2-specific chaperone  30.84 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3327  hydrogenase 2-specific chaperone  30.84 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.861923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3318  hydrogenase 2-specific chaperone  30.84 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000186738  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3493  hydrogenase 2-specific chaperone  30.84 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3398  hydrogenase 2-specific chaperone  30.84 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>