151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0010 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0010  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000288959  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0010  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000948194  hitchhiker  0.0000000000358204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0361577  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0021  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>