105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4094 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  100 
 
 		 172 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  73.26 
 
 		 172 aa  241  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  71.93 
 
 		 172 aa  238  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  72.94 
 
 		 171 aa  239  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  71.18 
 
 		 171 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  64.53 
 
 		 180 aa  218  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  63.95 
 
 		 172 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  67.44 
 
 		 172 aa  210  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  66.28 
 
 		 172 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  68.02 
 
 		 172 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  67.44 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  46.15 
 
 		 172 aa  151  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  47.93 
 
 		 173 aa  142  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  46.67 
 
 		 177 aa  140  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  48.19 
 
 		 181 aa  140  9e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  38.51 
 
 		 178 aa  130  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  38.46 
 
 		 168 aa  122  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  40.7 
 
 		 175 aa  121  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  34.73 
 
 		 170 aa  115  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  40.24 
 
 		 385 aa  111  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3885  ACT domain-containing protein  33.73 
 
 		 165 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  40.94 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  35.54 
 
 		 165 aa  100  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.53 
 
 		 166 aa  95.9  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.72 
 
 		 166 aa  93.2  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.95 
 
 		 164 aa  93.6  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  92.8  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2561  ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  91.7  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1537  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1532  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0236669  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1565  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2819  amino acid-binding ACT domain protein  33.94 
 
 		 166 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.198658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1356  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.73 
 
 		 168 aa  90.9  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2735  ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  90.9  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.73 
 
 		 166 aa  90.5  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1407  ACT domain-containing protein  30.91 
 
 		 166 aa  89  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.222833  normal  0.039362 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1722  ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  88.6  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  32.75 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  33.79 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3675  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  30.25 
 
 		 167 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2585  amino acid-binding ACT  29.09 
 
 		 168 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  29.09 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3629  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  27.81 
 
 		 167 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.894872  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42571  predicted protein  29.55 
 
 		 1319 aa  70.9  0.000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  28.25 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  28.48 
 
 		 170 aa  68.9  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  24.14 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3434  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  26.22 
 
 		 167 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.84 
 
 		 185 aa  64.3  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.78 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.24 
 
 		 170 aa  62  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  26.06 
 
 		 184 aa  62  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.79 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.95 
 
 		 177 aa  60.8  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.47 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.26 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0869  hypothetical protein  22.29 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00598997  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2546  hypothetical protein  27.22 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.761879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2884  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  25.6 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.49 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  25.29 
 
 		 175 aa  57.4  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4273  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.95 
 
 		 179 aa  57.4  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.340897  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.9 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.49 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.18 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  26.14 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.06 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.12 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.71 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  27.12 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.71 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  28.09 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.7 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.7 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  23.7 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.53 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.53 
 
 		 183 aa  53.9  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.44 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  28.09 
 
 		 188 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.53 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.53 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.49 
 
 		 165 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  25.6 
 
 		 184 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  25 
 
 		 176 aa  52.4  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.29 
 
 		 188 aa  50.8  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3623  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.31 
 
 		 167 aa  48.5  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.640922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  24.55 
 
 		 175 aa  47.8  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  25 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0278  amino acid-binding ACT domain protein  27.98 
 
 		 196 aa  47  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.305725  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  26.05 
 
 		 180 aa  47.4  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.47 
 
 		 183 aa  45.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3703  glycine cleavage system regulatory protein-like  25.57 
 
 		 183 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  27.34 
 
 		 173 aa  45.4  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  27.34 
 
 		 173 aa  45.4  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0621  amino acid-binding ACT domain protein  34.21 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2508  formyltetrahydrofolate deformylase  42.03 
 
 		 288 aa  42  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.257697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.76 
 
 		 189 aa  41.6  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.76 
 
 		 204 aa  41.6  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.76 
 
 		 204 aa  41.6  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  46.67 
 
 		 437 aa  42  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>