100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3314 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4884  exonuclease I  72.12 
 
 		 478 aa  714    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56080  exonuclease I  72.12 
 
 		 480 aa  714    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38320  exonuclease I  73.32 
 
 		 476 aa  718    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.322615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4438  exonuclease I  70.32 
 
 		 476 aa  699    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4020  exonuclease I  70.59 
 
 		 476 aa  698    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.036552  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4316  exodeoxyribonuclease I  70.59 
 
 		 476 aa  707    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117686  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1005  exonuclease I  69.04 
 
 		 478 aa  689    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000425826  hitchhiker  0.00000000000101458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4449  exonuclease I  69.33 
 
 		 477 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484535  hitchhiker  0.0000188223 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3314  exonuclease I  100 
 
 		 481 aa  976    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4359  exonuclease I  70.38 
 
 		 477 aa  694    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000903496  normal  0.0362727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1365  exonuclease I  70.38 
 
 		 477 aa  694    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0498448  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1611  exonuclease I  53.58 
 
 		 482 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2049  exonuclease I  51.72 
 
 		 470 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0380557  normal  0.0388906 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2394  exonuclease I  48.79 
 
 		 485 aa  463  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00869913 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2313  exonuclease I  53.81 
 
 		 476 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2211  exonuclease I  54.5 
 
 		 476 aa  460  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1973  exonuclease I  54.04 
 
 		 470 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.464064  hitchhiker  0.00304849 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2572  exonuclease I  52.19 
 
 		 470 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.731492  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2617  exonuclease I  51.04 
 
 		 470 aa  458  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13081  hitchhiker  0.0000541191 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2480  exonuclease I  52.19 
 
 		 470 aa  458  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2410  exonuclease I  51.96 
 
 		 470 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.210191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1762  exonuclease I  52.83 
 
 		 475 aa  455  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1695  exonuclease I  52.53 
 
 		 472 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.856204  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2790  exonuclease I  51.5 
 
 		 470 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1680  exonuclease I  52.3 
 
 		 472 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2662  exonuclease I  52.66 
 
 		 470 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00905803  hitchhiker  0.00509909 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2014  exonuclease I  50 
 
 		 487 aa  452  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.516095  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3214  exonuclease I  50.95 
 
 		 475 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.650627  normal  0.0240807 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2516  exonuclease I  50.94 
 
 		 476 aa  451  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3083  exonuclease I  50.71 
 
 		 487 aa  449  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1569  exonuclease I  51.04 
 
 		 470 aa  450  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.856222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1717  exonuclease I  52.3 
 
 		 472 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.25005 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2420  exonuclease I  50.94 
 
 		 476 aa  451  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0855  exonuclease I  50.82 
 
 		 474 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2034  exonuclease I  50.22 
 
 		 475 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2380  exodeoxyribonuclease I  47.48 
 
 		 484 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.358208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2487  exonuclease I  49.88 
 
 		 470 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2191  exonuclease I  48.84 
 
 		 476 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2404  exonuclease I  48.84 
 
 		 476 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.191485 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2244  exonuclease I  48.84 
 
 		 476 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0792988 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2287  exonuclease I  50.81 
 
 		 470 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1680  exonuclease I  48.93 
 
 		 474 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2293  exonuclease I  48.63 
 
 		 476 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.534696  normal  0.083506 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003696  exodeoxyribonuclease I  49.06 
 
 		 473 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3024  exonuclease I  48.06 
 
 		 495 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377058  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2291  exonuclease I  48.63 
 
 		 476 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1638  exonuclease I  49.08 
 
 		 473 aa  434  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.073476  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1049  exonuclease I  50.47 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106186 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3125  exonuclease I  50.92 
 
 		 477 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3505  exonuclease I  49.13 
 
 		 479 aa  425  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00584521  normal  0.826797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1221  exonuclease I  50.23 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.171451  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2944  exonuclease I  50.12 
 
 		 474 aa  425  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000391872 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01900  hypothetical protein  50.23 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1629  exonuclease I  50.23 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.186939 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1646  Exodeoxyribonuclease I  50.23 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2149  exonuclease I  50.23 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02119  exonuclease I  47.88 
 
 		 473 aa  428  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01914  exonuclease I  50.23 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2382  exonuclease I  49.27 
 
 		 478 aa  425  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2302  exonuclease I  50 
 
 		 475 aa  425  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2627  exonuclease I  49.41 
 
 		 476 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0145209  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1360  exonuclease I  50.55 
 
 		 479 aa  421  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.31128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3405  exonuclease I  48.79 
 
 		 479 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.117362 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3059  exonuclease I  48.68 
 
 		 479 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0872  exonuclease I  44.51 
 
 		 486 aa  415  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.759367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2602  exonuclease I  45.93 
 
 		 482 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0809104  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2172  exodeoxyribonuclease I  46.24 
 
 		 476 aa  410  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.585102  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1935  exonuclease I  49.13 
 
 		 482 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2939  exonuclease I  49.35 
 
 		 480 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.66947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2653  exonuclease I  46.57 
 
 		 479 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.837858  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1689  exonuclease I  49.46 
 
 		 479 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2713  exonuclease I  48.68 
 
 		 484 aa  401  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0303848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02405  exodeoxyribonuclease I  43.79 
 
 		 478 aa  401  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.365933  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2072  exonuclease I  47.61 
 
 		 485 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0682352  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1838  exonuclease I  49.24 
 
 		 479 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510838  normal  0.42873 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3236  exonuclease I  48.56 
 
 		 478 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.537187  normal  0.286488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2600  exonuclease I  47.26 
 
 		 479 aa  393  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186824  normal  0.262896 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2436  exodeoxyribonuclease I  45.16 
 
 		 486 aa  391  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.173685 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00762  exonuclease I  45.81 
 
 		 481 aa  378  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.485604  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0837  exonuclease I  44.57 
 
 		 478 aa  372  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0266  exonuclease I  47.3 
 
 		 481 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0954  exonuclease I  44.57 
 
 		 488 aa  367  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.364121  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1071  Exodeoxyribonuclease I  40.65 
 
 		 495 aa  340  2e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1518  exonuclease  29.16 
 
 		 458 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.534784  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1451  exodeoxyribonuclease I  29.16 
 
 		 458 aa  156  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1822  exodeoxyribonuclease I  30.02 
 
 		 468 aa  140  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.777957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  25.97 
 
 		 870 aa  52.8  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0528  exonuclease  27.88 
 
 		 197 aa  51.2  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00892328  normal  0.16034 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0421  helicase/exonuclease  22.63 
 
 		 870 aa  48.1  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  40 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  39.22 
 
 		 181 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  39.22 
 
 		 181 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1726  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.23 
 
 		 185 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  39.22 
 
 		 181 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  39.22 
 
 		 181 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  26.06 
 
 		 183 aa  45.1  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  38 
 
 		 181 aa  44.3  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  38 
 
 		 181 aa  44.3  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  38 
 
 		 181 aa  44.3  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  38 
 
 		 181 aa  43.5  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>