50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4084 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4084  response regulator receiver protein  100 
 
 		 57 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579034  normal  0.574637 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0669  transcription regulator CtrA  82 
 
 		 231 aa  90.5  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.7626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  78 
 
 		 231 aa  87  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  71.93 
 
 		 237 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  71.93 
 
 		 237 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  71.93 
 
 		 237 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  68.97 
 
 		 239 aa  86.7  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  86.05 
 
 		 237 aa  85.5  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  84.09 
 
 		 235 aa  85.5  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  80 
 
 		 238 aa  83.6  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  86.05 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.91 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  81.4 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  70.91 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  70.91 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  70.37 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  70.91 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.91 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  83.72 
 
 		 239 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.09 
 
 		 233 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  76.09 
 
 		 233 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  78.26 
 
 		 233 aa  80.5  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1019  cell cycle transcriptional regulator CtrA  76.09 
 
 		 233 aa  80.5  0.000000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.736916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.09 
 
 		 233 aa  80.1  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  80 
 
 		 233 aa  80.1  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1822  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.09 
 
 		 233 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.077619  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  73.47 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  70 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  70 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  81.4 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  70 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3912  two component transcriptional regulator  76.09 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  76.09 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4233  two component transcriptional regulator  78.26 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0736222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.4 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.4 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  70 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  81.4 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5319  cell cycle transcriptional regulator CtrA  73.91 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  81.4 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  81.4 
 
 		 233 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0817  response regulator receiver: C terminal  59.65 
 
 		 266 aa  70.9  0.000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0415499  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1012  DNA-binding response regulator  57.89 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0213425  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  69.77 
 
 		 256 aa  68.6  0.00000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.73 
 
 		 244 aa  61.6  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0234  DNA-binding response regulator  58 
 
 		 265 aa  60.8  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0574  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 250 aa  57.8  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1830  two component transcriptional regulator  59.52 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6286  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 		 195 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969042  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6972  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 		 195 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>