More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1675 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  607  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 306 aa  338  5e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 297 aa  332  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 320 aa  332  5e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 297 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 297 aa  328  7e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  53.56 
 
 		 297 aa  328  8e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  55.59 
 
 		 297 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 297 aa  325  5e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 297 aa  322  6e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  50.85 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 335 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  43.9 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  41.96 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  42.29 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 359 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.79 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  38.79 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 312 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  39.16 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 320 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  36.3 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  36.3 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  36.3 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  36.3 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  36.3 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 319 aa  182  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.9 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.84 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000412761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  36.61 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  36.61 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000144024  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000498178  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000154931  normal  0.139857 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  33.92 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.075529999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.27 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.77 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.77 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.77 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.77 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>