81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0308 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1120  hypothetical protein  59.7 
 
 		 689 aa  767    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0308  LppC family lipoprotein  100 
 
 		 672 aa  1350    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3782  LppC family lipoprotein  61.54 
 
 		 682 aa  833    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0529967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02965  hypothetical protein  52.25 
 
 		 678 aa  693    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0314  LppC family lipoprotein  94.64 
 
 		 672 aa  1273    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.92899  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0475  putative LppC lipoprotein  59.62 
 
 		 689 aa  774    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03014  hypothetical protein  52.25 
 
 		 678 aa  693    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3339  putative lipoprotein  52.25 
 
 		 678 aa  689    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3629  putative lipoprotein  51.81 
 
 		 678 aa  687    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4336  LppC family lipoprotein  60.18 
 
 		 674 aa  802    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.765962  normal  0.192423 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3624  LppC family lipoprotein  60.7 
 
 		 680 aa  800    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0539  LppC family lipoprotein  59.62 
 
 		 657 aa  775    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0551  LppC family lipoprotein  52.1 
 
 		 678 aa  687    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3442  putative lipoprotein  52.03 
 
 		 678 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3625  putative lipoprotein  51.74 
 
 		 678 aa  679    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3522  LppC superfamily  54.07 
 
 		 680 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.173213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3559  LppC superfamily  53.73 
 
 		 680 aa  706    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3453  LppC superfamily  54.03 
 
 		 680 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4466  putative lipoprotein  51.89 
 
 		 678 aa  683    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3451  LppC superfamily  54.32 
 
 		 680 aa  713    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3619  LppC family protein  53.7 
 
 		 680 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0558  LppC family lipoprotein  52.25 
 
 		 678 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3584  LppC family lipoprotein  54.37 
 
 		 704 aa  310  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129912 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0740  LppC precursor  31.37 
 
 		 604 aa  301  3e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164476  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2654  putative lipoprotein LppC  28.94 
 
 		 603 aa  224  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00891  hypothetical protein  27.23 
 
 		 603 aa  217  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0113  putative lipoprotein  28.32 
 
 		 653 aa  213  7.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1177  LppC family lipoprotein  28.55 
 
 		 677 aa  213  9e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.055728 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004501  LppC putative lipoprotein  27.75 
 
 		 555 aa  209  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000349106  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0352  LppC family lipoprotein  28.45 
 
 		 634 aa  206  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57480  putative lipoprotein  29.93 
 
 		 604 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4995  putative lipoprotein  29.93 
 
 		 604 aa  199  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.713572  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3684  LppC family lipoprotein  28.45 
 
 		 627 aa  197  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3880  LppC family lipoprotein  28.16 
 
 		 627 aa  196  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0981735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0261  LppC family lipoprotein  28.55 
 
 		 628 aa  192  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0911  LppC family lipoprotein  28.32 
 
 		 602 aa  188  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217114  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0300  putative lipoprotein  28.15 
 
 		 619 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3692  LppC family lipoprotein  28.96 
 
 		 616 aa  185  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.348011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4684  LppC putative lipoprotein  28.19 
 
 		 603 aa  185  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13140  LppC lipoprotein  29.43 
 
 		 607 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4113  LppC putative lipoprotein  28.15 
 
 		 604 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4419  lipoprotein, putative  27.92 
 
 		 604 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0598181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4069  LppC family lipoprotein  25.54 
 
 		 634 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4099  LppC family lipoprotein  25.43 
 
 		 634 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4187  LppC family lipoprotein  25.54 
 
 		 634 aa  173  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3989  LppC family lipoprotein  25.54 
 
 		 634 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4523  LppC family lipoprotein  29.09 
 
 		 605 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4399  LppC family lipoprotein  29.46 
 
 		 605 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0273  LppC putative lipoprotein  26.11 
 
 		 603 aa  167  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000539466  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1325  LppC family lipoprotein  29.09 
 
 		 605 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.967741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0389  LppC family lipoprotein  32.21 
 
 		 607 aa  160  9e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.743997  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4251  LppC family lipoprotein  31.82 
 
 		 626 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.945552  hitchhiker  0.0000000616017 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  27.27 
 
 		 629 aa  154  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3145  ATPase  25 
 
 		 661 aa  154  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0252  LppC family lipoprotein  31.17 
 
 		 624 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.625916  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0933  LppC family lipoprotein  33.96 
 
 		 605 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  25.82 
 
 		 596 aa  140  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3354  putative lipoprotein  30.79 
 
 		 595 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  26.05 
 
 		 625 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3693  LppC putative lipoprotein  25.17 
 
 		 658 aa  134  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3066  hypothetical protein  25.6 
 
 		 603 aa  132  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  25.74 
 
 		 635 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2463  LppC family lipoprotein  26.54 
 
 		 617 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36704  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  22.86 
 
 		 631 aa  127  9e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4432  hypothetical protein  24.2 
 
 		 721 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2923  hypothetical protein  25.43 
 
 		 603 aa  124  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0260  lipoprotein antigen  26.88 
 
 		 396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1933  putative lipoprotein  26.88 
 
 		 394 aa  112  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.814696  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03355  putative lipoprotein  23.2 
 
 		 666 aa  100  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2394  putative lipoprotein-like protein  22.83 
 
 		 617 aa  100  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.527391  normal  0.161029 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  24.46 
 
 		 628 aa  97.1  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2282  putative lipoprotein-like protein  23.21 
 
 		 510 aa  89  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  23.97 
 
 		 621 aa  87  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0227  LppC family lipoprotein  28.22 
 
 		 634 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.238094 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0676  LppC family lipoprotein  23.81 
 
 		 705 aa  63.9  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04379  LppC superfamily  31.09 
 
 		 576 aa  55.1  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.418769  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  21.55 
 
 		 612 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  21.55 
 
 		 612 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1675  LppC family lipoprotein  27.1 
 
 		 576 aa  47  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.49 
 
 		 391 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1749  hypothetical protein  27.1 
 
 		 576 aa  45.8  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>