226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0039 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0006  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000531495  normal  0.328026 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  87.18 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0066  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0025  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.333902  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0004  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00103905  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0100  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0044  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  90 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0019  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000126286  hitchhiker  0.0000000180291 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  90 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.0000012405  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000119185  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>