245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0070 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  91.78 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  90.41 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0051  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  89.04 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  89.04 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  89.55 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  89.39 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  89.39 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.23 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000130207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  88.89 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  88.06 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  88.06 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  93.62 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  88.06 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  88.06 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  93.62 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  88.06 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  88.06 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  90.74 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  90.74 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  90.74 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  93.48 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  90.74 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  90.74 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  93.33 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  95 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  87.5 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  95 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  86.11 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  87.5 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>