186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0038 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0040  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.346214  normal  0.248839 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0002  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.101258 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0018  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0046  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  98.08 
 
 		 67 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0037  tRNA-OTHER  100 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0036  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.890438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0039  tRNA-OTHER  97.87 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.022052  normal  0.0225653 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0020  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0806  hypothetical protein  97.78 
 
 		 108 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000935428 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0046  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000231748  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0048  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000268025  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0050  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000555856  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0031  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000377899  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0055  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.623163  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0001  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0024  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.664304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0025  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.89126  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0066  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0063  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131328  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0048  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0026  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0028  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30863e-30 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0045  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.356708  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0001  tRNA-Gly  92 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0027  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133114  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0005  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0003  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100529 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0019  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0009  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0001  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.155271 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0026  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.319297  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0021  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0036  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0039  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0041  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0038  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.657012 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0016  tRNA-Gly  97.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309271  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.453566  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0052  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418671  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0001  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0149399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0064  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.729531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0014  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000685902  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_757  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0984996  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0001  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0037  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000929008  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0026  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0051  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0065  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.109951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>