221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0001 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0027  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133114  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0055  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.623163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0014  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000685902  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0066  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000558399  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0052  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418671  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0037  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000929008  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0012  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00000602687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0017  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000137246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0009  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000000000199446  normal  0.87079 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0041  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0013  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2155  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.903819  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1866  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0046  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0006  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0030  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0007  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0009  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0054  tRNA-Gly  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0024  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.664304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0025  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.89126  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0066  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0026  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0063  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131328  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2515  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0285567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2525  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000865266  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2628  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2219  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000214695  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2229  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000227331  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2314  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0048  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0045  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.356708  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30863e-30 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0062  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000167826  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0041  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000613233  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0043  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000854209  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0070  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0048  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0044  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0031  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000377899  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0003  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100529 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0040  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.346214  normal  0.248839 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0046  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000231748  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0048  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000268025  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0050  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000555856  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0009  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0001  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.155271 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0036  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0039  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0041  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0053  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0005  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0021  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0019  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0038  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.657012 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10770  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.029864  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0056  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515386  normal  0.717167 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0085  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0038  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0032  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0192134 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0043  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0622835 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0035  tRNA-Gly  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.724762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495704  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0060  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635466  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0020  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0370755  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1458  tRNA-Val  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000874188  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0024  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474961  hitchhiker  0.000422709 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0026  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.672407  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t23  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0049  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0173408  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0009  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.886976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0020  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0029  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.707259  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>