254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3163 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3163  quinol dehydrogenase membrane component  100 
 
 
302 aa  610  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3220  quinol dehydrogenase membrane component  65.75 
 
 
302 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4007  quinol dehydrogenase membrane component  61.09 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1341  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  60.65 
 
 
281 aa  346  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3838  quinol dehydrogenase membrane component  57.45 
 
 
301 aa  342  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1589  periplasmic nitrate reductase subunit NapH  54.07 
 
 
285 aa  300  2e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0556  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  53.02 
 
 
287 aa  298  7e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1506  quinol dehydrogenase membrane component  46.26 
 
 
290 aa  296  3e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0621  quinol dehydrogenase membrane component  48.91 
 
 
298 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0702  quinol dehydrogenase membrane component  50.7 
 
 
332 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0846  quinol dehydrogenase membrane component  53.76 
 
 
319 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3320  quinol dehydrogenase membrane component  50.35 
 
 
327 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.159981  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3432  quinol dehydrogenase membrane component  50.35 
 
 
327 aa  287  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0970703  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3959  quinol dehydrogenase membrane component  45.17 
 
 
302 aa  286  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3208  quinol dehydrogenase membrane component  48.44 
 
 
299 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2600  quinol dehydrogenase membrane component  48.41 
 
 
289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.419201 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2441  quinol dehydrogenase membrane component  48.06 
 
 
289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.437001 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2497  quinol dehydrogenase membrane component  48.06 
 
 
289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3150  quinol dehydrogenase membrane component  49.28 
 
 
323 aa  276  3e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2985  quinol dehydrogenase membrane component  46.64 
 
 
303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2352  quinol dehydrogenase membrane component  48.78 
 
 
287 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0737  quinol dehydrogenase membrane component  48.78 
 
 
287 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2503  quinol dehydrogenase membrane component  48.78 
 
 
287 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3341  quinol dehydrogenase membrane component  48.43 
 
 
287 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.820241  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02131  quinol dehydrogenase membrane component  48.43 
 
 
287 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.217114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1455  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  48.43 
 
 
287 aa  271  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2342  quinol dehydrogenase membrane component  48.43 
 
 
287 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1446  quinol dehydrogenase membrane component  48.43 
 
 
287 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02090  hypothetical protein  48.43 
 
 
287 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182907  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4738  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  54.04 
 
 
283 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.199937  normal  0.474351 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0440  quinol dehydrogenase membrane component  44.93 
 
 
292 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000255918  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2717  quinol dehydrogenase membrane component  47.89 
 
 
287 aa  259  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2413  quinol dehydrogenase membrane component  48.94 
 
 
287 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001238  polyferredoxin NapH (periplasmic nitrate reductase)  42.91 
 
 
284 aa  247  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1516  quinol dehydrogenase membrane component  44.66 
 
 
275 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000106423  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0555  periplasmic nitrate reductase subunit NapH  48.02 
 
 
283 aa  224  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0726  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  41.7 
 
 
279 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000359603  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1930  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  39.31 
 
 
263 aa  204  2e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.019588  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1718  quinol dehydrogenase membrane component  35.69 
 
 
261 aa  172  5e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0866  putative permease  39.46 
 
 
263 aa  172  5.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1159  quinol dehydrogenase membrane component  33.96 
 
 
261 aa  168  8e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.239139  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1016  quinol dehydrogenase membrane component  36.15 
 
 
263 aa  163  4.0000000000000004e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0873  quinol dehydrogenase membrane component  37.59 
 
 
259 aa  160  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0803  quinol dehydrogenase membrane component  37.22 
 
 
259 aa  160  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113023  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1058  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  37.73 
 
 
272 aa  159  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1723  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  34.78 
 
 
299 aa  155  9e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0446  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  32.85 
 
 
298 aa  149  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0668  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  31.1 
 
 
300 aa  143  4e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.236876  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1304  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  33.08 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000969125  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1565  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  32.79 
 
 
327 aa  129  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0341638  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1742  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.18 
 
 
298 aa  118  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.463173  normal  0.0170059 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07620  4Fe-4S protein  32.03 
 
 
292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.49628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1290  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.51 
 
 
470 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3044  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.57 
 
 
407 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1233  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  29.28 
 
 
407 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.668927  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.81 
 
 
357 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  24.68 
 
 
350 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0137531 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  24.81 
 
 
357 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.81 
 
 
357 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0556  iron-sulfur cluster-binding protein  23.83 
 
 
346 aa  67  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.850288  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  24.81 
 
 
357 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.8 
 
 
358 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.81 
 
 
357 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.8 
 
 
356 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.44 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.42 
 
 
229 aa  65.9  0.0000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  24.44 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.69 
 
 
507 aa  65.1  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.8 
 
 
356 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2067  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  24.78 
 
 
247 aa  65.5  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1789  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.17 
 
 
273 aa  64.3  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.17 
 
 
356 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  21.97 
 
 
277 aa  63.5  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.69 
 
 
294 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.06 
 
 
357 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  24.06 
 
 
357 aa  62.8  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.54 
 
 
290 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2763  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.86 
 
 
294 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  20.41 
 
 
240 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.53 
 
 
524 aa  61.2  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  21.43 
 
 
591 aa  60.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  22.77 
 
 
368 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.27 
 
 
233 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.82 
 
 
444 aa  60.5  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  24.58 
 
 
270 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  22.99 
 
 
351 aa  60.1  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1904  iron-sulfur cluster-binding protein  25 
 
 
346 aa  60.5  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000493805  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.59 
 
 
334 aa  60.1  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0774  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.69 
 
 
300 aa  59.7  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00763219  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  21.43 
 
 
480 aa  59.7  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1582  polyferredoxin-like protein  26.44 
 
 
367 aa  59.3  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.972652  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2462  putative ferredoxin-type protein NapH  24.78 
 
 
281 aa  58.2  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1810  polyferredoxin-like protein  25 
 
 
367 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.754976  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08480  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  20.97 
 
 
218 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1359  polyferredoxin-like  25.13 
 
 
381 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.265188  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1000  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.37 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1336  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.55 
 
 
409 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16840  4Fe-4S protein  24.54 
 
 
316 aa  57  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.34622  normal  0.811902 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1081  hypothetical protein  28.02 
 
 
205 aa  57.4  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1070  ferredoxin  26.07 
 
 
417 aa  57.4  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>