More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0341 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0341  50S ribosomal protein L19  100 
 
 		 124 aa  251  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.164171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0742  50S ribosomal protein L19  83.87 
 
 		 127 aa  219  9e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0185  50S ribosomal protein L19  89.43 
 
 		 124 aa  203  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1044  50S ribosomal protein L19  89.43 
 
 		 124 aa  203  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2705  50S ribosomal protein L19  89.43 
 
 		 124 aa  203  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0571233 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2616  50S ribosomal protein L19  86.18 
 
 		 123 aa  198  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133816 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3884  50S ribosomal protein L19  87.1 
 
 		 126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0241892  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2663  50S ribosomal protein L19  73.17 
 
 		 129 aa  176  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2719  50S ribosomal protein L19  68.29 
 
 		 125 aa  171  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0956  50S ribosomal protein L19  69.6 
 
 		 132 aa  169  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.670119 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5273  50S ribosomal protein L19  72.03 
 
 		 130 aa  167  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.987122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5201  50S ribosomal protein L19  71.19 
 
 		 134 aa  168  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4734  50S ribosomal protein L19  71.19 
 
 		 134 aa  168  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4426  50S ribosomal protein L19  73.28 
 
 		 131 aa  167  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0638  50S ribosomal protein L19  73.73 
 
 		 145 aa  166  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.056681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4078  50S ribosomal protein L19  67.74 
 
 		 184 aa  165  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0087  50S ribosomal protein L19  65.6 
 
 		 146 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3755  50S ribosomal protein L19  66.94 
 
 		 183 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.649636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3101  50S ribosomal protein L19  66.13 
 
 		 177 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.255374  normal  0.735203 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3396  50S ribosomal protein L19  70.69 
 
 		 131 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2335 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4210  50S ribosomal protein L19  69.75 
 
 		 180 aa  162  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.425838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2510  ribosomal protein L19  71.67 
 
 		 140 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2107  50S ribosomal protein L19  71.19 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00250382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1422  ribosomal protein L19  65.08 
 
 		 130 aa  159  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.420592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0225  50S ribosomal protein L19  69.92 
 
 		 131 aa  157  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0069305 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0349  50S ribosomal protein L19  69.92 
 
 		 131 aa  157  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0506  50S ribosomal protein L19  69.92 
 
 		 131 aa  157  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3445  50S ribosomal protein L19  62.9 
 
 		 166 aa  156  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0242  50S ribosomal protein L19  72.03 
 
 		 129 aa  155  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2899  50S ribosomal protein L19  67.5 
 
 		 132 aa  155  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0364  50S ribosomal protein L19  69.17 
 
 		 127 aa  154  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2783  50S ribosomal protein L19  68.64 
 
 		 126 aa  152  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.101505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1188  50S ribosomal protein L19  65 
 
 		 163 aa  152  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.186255  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3582  50S ribosomal protein L19  68.64 
 
 		 126 aa  152  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0217  50S ribosomal protein L19  65.29 
 
 		 131 aa  152  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_004310  BR1907  50S ribosomal protein L19  61.6 
 
 		 145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.371938  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1835  50S ribosomal protein L19  61.6 
 
 		 145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.610841  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2150  50S ribosomal protein L19  64.96 
 
 		 124 aa  150  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.109584  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2050  50S ribosomal protein L19  66.09 
 
 		 115 aa  150  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000005578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0946  50S ribosomal protein L19  61.79 
 
 		 145 aa  149  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3279  50S ribosomal protein L19  62.18 
 
 		 126 aa  142  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1171  ribosomal protein L19  61.06 
 
 		 117 aa  142  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0972  50S ribosomal protein L19  57.26 
 
 		 128 aa  140  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000207565  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3063  50S ribosomal protein L19  62.3 
 
 		 126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.7389400000000002e-23  unclonable  0.0000000280297 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2219  50S ribosomal protein L19  61.21 
 
 		 115 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.43443e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2866  50S ribosomal protein L19  62.07 
 
 		 118 aa  138  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000321036  hitchhiker  0.000000487764 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1986  ribosomal protein L19  58.97 
 
 		 118 aa  138  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0827  50S ribosomal protein L19  62.3 
 
 		 128 aa  138  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.694399 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2376  50S ribosomal protein L19  62.07 
 
 		 126 aa  138  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.488088 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0971  50S ribosomal protein L19  61.21 
 
 		 113 aa  138  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0945  50S ribosomal protein L19  62.07 
 
 		 114 aa  138  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000423852  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1476  ribosomal protein L19  63.79 
 
 		 127 aa  137  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.466303  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1366  ribosomal protein L19  61.74 
 
 		 114 aa  136  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0648  50S ribosomal protein L19  60.34 
 
 		 118 aa  136  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3488  50S ribosomal protein L19  60.91 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5511499999999998e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3426  50S ribosomal protein L19  60.91 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.205181  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2274  ribosomal protein L19  64.6 
 
 		 148 aa  135  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.109291  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1474  ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 121 aa  135  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0170029 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0989  ribosomal protein L19  59.29 
 
 		 118 aa  134  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000000485147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0765  50S ribosomal protein L19  59.29 
 
 		 114 aa  135  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000038778  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2492  50S ribosomal protein L19  60.53 
 
 		 114 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000053876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0684  50S ribosomal protein L19  62.71 
 
 		 117 aa  134  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3352  50S ribosomal protein L19  60.98 
 
 		 127 aa  134  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459545  normal  0.21243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2700  50S ribosomal protein L19  60.98 
 
 		 127 aa  134  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.271873  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23710  LSU ribosomal protein L19P  57.38 
 
 		 118 aa  134  4e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.461467  normal  0.196781 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1093  ribosomal protein L19  59.65 
 
 		 116 aa  134  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000484447  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0878  50S ribosomal protein L19  60.48 
 
 		 128 aa  133  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.714575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1887  50S ribosomal protein L19  62.93 
 
 		 128 aa  133  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000459449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1402  ribosomal protein L19  60.34 
 
 		 117 aa  133  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00379521 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0807  50S ribosomal protein L19  60.48 
 
 		 128 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.410607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0661  50S ribosomal protein L19  58.62 
 
 		 115 aa  133  7.000000000000001e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00126623  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3938  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000138289  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3853  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  9.655990000000001e-63 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1107  50S ribosomal protein L19  62.93 
 
 		 117 aa  133  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3882  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000143455  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3691  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000105797  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3581  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.43871e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3599  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000284782  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3887  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000863076  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3978  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000147607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1305  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 		 114 aa  133  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000891936  unclonable  6.6564e-26 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1408  50S ribosomal protein L19  74.58 
 
 		 122 aa  133  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.883642  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2536  ribosomal protein L19  59.09 
 
 		 118 aa  133  8e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.123548  normal  0.284207 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0807  50S ribosomal protein L19  60.55 
 
 		 116 aa  133  9e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.000000000000011018  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3132  ribosomal protein L19  59.48 
 
 		 116 aa  133  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000124659  normal  0.100655 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0544  50S ribosomal protein L19  61.74 
 
 		 115 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0000438423  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1300  50S ribosomal protein L19  59.63 
 
 		 116 aa  132  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000348159  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3663  50S ribosomal protein L19  64.08 
 
 		 114 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000597471  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1201  50S ribosomal protein L19  56.03 
 
 		 115 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000297862  normal  0.163388 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1325  50S ribosomal protein L19  59.63 
 
 		 116 aa  132  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000150512  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0507  50S ribosomal protein L19  55.46 
 
 		 116 aa  133  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0936  50S ribosomal protein L19  59.68 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0118366 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0572  50S ribosomal protein L19  62.07 
 
 		 135 aa  131  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0280317  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3755  50S ribosomal protein L19  57.76 
 
 		 113 aa  131  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580352  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1144  50S ribosomal protein L19  60.87 
 
 		 115 aa  131  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000366814  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07000  LSU ribosomal protein L19P  54.7 
 
 		 114 aa  130  3.9999999999999996e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000223468  normal  0.416824 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5342  ribosomal protein L19  62.07 
 
 		 146 aa  130  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5922  ribosomal protein L19  56.2 
 
 		 119 aa  131  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0433266  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2784  50S ribosomal protein L19  58.2 
 
 		 135 aa  130  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0802  50S ribosomal protein L19  59.65 
 
 		 162 aa  130  6.999999999999999e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>