More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3884 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3884  50S ribosomal protein L19  100 
 
 
126 aa  250  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0241892  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0341  50S ribosomal protein L19  87.1 
 
 
124 aa  216  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.164171  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0742  50S ribosomal protein L19  82.68 
 
 
127 aa  209  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0185  50S ribosomal protein L19  89.52 
 
 
124 aa  196  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1044  50S ribosomal protein L19  89.52 
 
 
124 aa  196  7e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2705  50S ribosomal protein L19  89.52 
 
 
124 aa  196  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0571233 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2616  50S ribosomal protein L19  87.8 
 
 
123 aa  191  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.133816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2663  50S ribosomal protein L19  72.44 
 
 
129 aa  179  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2719  50S ribosomal protein L19  70.49 
 
 
125 aa  173  8e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.877086  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4426  50S ribosomal protein L19  75.44 
 
 
131 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0638  50S ribosomal protein L19  75.86 
 
 
145 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.056681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4734  50S ribosomal protein L19  71.79 
 
 
134 aa  168  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3396  50S ribosomal protein L19  73.68 
 
 
131 aa  168  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.2335 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5201  50S ribosomal protein L19  71.79 
 
 
134 aa  168  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5273  50S ribosomal protein L19  73.68 
 
 
130 aa  168  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.987122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4078  50S ribosomal protein L19  71.55 
 
 
184 aa  166  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0956  50S ribosomal protein L19  68.85 
 
 
132 aa  166  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.670119 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3101  50S ribosomal protein L19  70.69 
 
 
177 aa  165  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.255374  normal  0.735203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2107  50S ribosomal protein L19  73.28 
 
 
148 aa  165  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00250382  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3755  50S ribosomal protein L19  70.69 
 
 
183 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.649636  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4210  50S ribosomal protein L19  68.97 
 
 
180 aa  163  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.425838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2510  ribosomal protein L19  71.55 
 
 
140 aa  163  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2899  50S ribosomal protein L19  68.1 
 
 
132 aa  159  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1422  ribosomal protein L19  68.97 
 
 
130 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.420592  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0225  50S ribosomal protein L19  69.67 
 
 
131 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069305 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0087  50S ribosomal protein L19  65.04 
 
 
146 aa  158  3e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0349  50S ribosomal protein L19  68.85 
 
 
131 aa  156  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181621  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0506  50S ribosomal protein L19  68.85 
 
 
131 aa  156  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3445  50S ribosomal protein L19  65.52 
 
 
166 aa  156  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0364  50S ribosomal protein L19  71.55 
 
 
127 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0242  50S ribosomal protein L19  67.19 
 
 
129 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3582  50S ribosomal protein L19  69.83 
 
 
126 aa  153  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0217  50S ribosomal protein L19  65 
 
 
131 aa  153  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2783  50S ribosomal protein L19  69.83 
 
 
126 aa  152  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.101505  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2150  50S ribosomal protein L19  64.41 
 
 
124 aa  152  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.109584  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1907  50S ribosomal protein L19  62.1 
 
 
145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.371938  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1835  50S ribosomal protein L19  62.1 
 
 
145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.610841  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1188  50S ribosomal protein L19  63.79 
 
 
163 aa  150  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.186255  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2050  50S ribosomal protein L19  62.39 
 
 
115 aa  149  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000005578  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3279  50S ribosomal protein L19  61.9 
 
 
126 aa  148  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305651  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0946  50S ribosomal protein L19  61.48 
 
 
145 aa  147  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3063  50S ribosomal protein L19  63.93 
 
 
126 aa  143  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.7389400000000002e-23  unclonable  0.0000000280297 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2376  50S ribosomal protein L19  64.04 
 
 
126 aa  143  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.488088 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0827  50S ribosomal protein L19  66.67 
 
 
128 aa  142  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.694399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1476  ribosomal protein L19  61.9 
 
 
127 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.466303  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1887  50S ribosomal protein L19  65.79 
 
 
128 aa  141  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000459449  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0971  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 
113 aa  140  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149666  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1009  50S ribosomal protein L19  63.28 
 
 
128 aa  140  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0359648  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3352  50S ribosomal protein L19  62.7 
 
 
127 aa  140  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459545  normal  0.21243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2700  50S ribosomal protein L19  62.7 
 
 
127 aa  140  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.271873  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2274  ribosomal protein L19  66.07 
 
 
148 aa  139  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.109291  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0972  50S ribosomal protein L19  56.1 
 
 
128 aa  139  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000207565  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2219  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 
115 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.43443e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0684  50S ribosomal protein L19  65.79 
 
 
117 aa  139  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0572  50S ribosomal protein L19  64.91 
 
 
135 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0280317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1986  ribosomal protein L19  57.76 
 
 
118 aa  138  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1366  ribosomal protein L19  61.74 
 
 
114 aa  138  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2866  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 
118 aa  138  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000321036  hitchhiker  0.000000487764 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0989  ribosomal protein L19  65.69 
 
 
118 aa  138  3e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000000485147  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0878  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
128 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.714575  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1408  50S ribosomal protein L19  77.59 
 
 
122 aa  137  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.883642  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1201  50S ribosomal protein L19  57.89 
 
 
115 aa  137  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000297862  normal  0.163388 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1107  50S ribosomal protein L19  64.91 
 
 
117 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3132  ribosomal protein L19  60.53 
 
 
116 aa  137  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000124659  normal  0.100655 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0807  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.410607  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2492  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  137  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000053876  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5342  ribosomal protein L19  60.32 
 
 
146 aa  137  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2231  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
130 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133079  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1093  ribosomal protein L19  58.77 
 
 
116 aa  136  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000484447  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1149  50S ribosomal protein L19  61.61 
 
 
128 aa  136  7.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000797714  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0945  50S ribosomal protein L19  60.53 
 
 
114 aa  136  7.999999999999999e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000423852  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0661  50S ribosomal protein L19  60.53 
 
 
115 aa  136  8.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00126623  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0400  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311266  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0916  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2965  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.618021  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2856  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.878575  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0231  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1664  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2542  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0263241  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2916  50S ribosomal protein L19  61.11 
 
 
129 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.104076  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1402  ribosomal protein L19  60.53 
 
 
117 aa  136  8.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00379521 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0549  50S ribosomal protein L19  63.72 
 
 
115 aa  136  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  8.959370000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1305  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000891936  unclonable  6.6564e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3853  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  9.655990000000001e-63 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0936  50S ribosomal protein L19  60.32 
 
 
128 aa  136  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0118366 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3882  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000143455  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3691  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000105797  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3581  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.43871e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3599  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000284782  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1632  50S ribosomal protein L19  63.72 
 
 
115 aa  136  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000160789  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3938  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000138289  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2974  50S ribosomal protein L19  66.38 
 
 
129 aa  135  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185414  normal  0.0681768 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3978  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000147607  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3887  50S ribosomal protein L19  58.77 
 
 
114 aa  136  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000863076  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0789  50S ribosomal protein L19  61.61 
 
 
127 aa  136  1e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  9.23665e-16  unclonable  1.39809e-28 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0772  50S ribosomal protein L19  63.79 
 
 
127 aa  136  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123982  normal  0.100319 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2257  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 
115 aa  135  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00054587  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1405  50S ribosomal protein L19  65.79 
 
 
126 aa  135  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0887  50S ribosomal protein L19  61.4 
 
 
117 aa  135  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00504476  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5922  ribosomal protein L19  56.56 
 
 
119 aa  135  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0433266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>