More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0506 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0349  50S ribosomal protein L19  100 
 
 		 131 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0506  50S ribosomal protein L19  100 
 
 		 131 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0225  50S ribosomal protein L19  96.95 
 
 		 131 aa  253  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0069305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0242  50S ribosomal protein L19  98.43 
 
 		 129 aa  249  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3582  50S ribosomal protein L19  90.48 
 
 		 126 aa  233  8e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2783  50S ribosomal protein L19  91.87 
 
 		 126 aa  230  6e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.101505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0364  50S ribosomal protein L19  90.4 
 
 		 127 aa  226  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2510  ribosomal protein L19  80.49 
 
 		 140 aa  199  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1422  ribosomal protein L19  72.31 
 
 		 130 aa  198  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.420592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0638  50S ribosomal protein L19  79.84 
 
 		 145 aa  194  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.056681 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3101  50S ribosomal protein L19  74.4 
 
 		 177 aa  191  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.255374  normal  0.735203 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3396  50S ribosomal protein L19  74.44 
 
 		 131 aa  191  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0956  50S ribosomal protein L19  74.26 
 
 		 132 aa  191  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.670119 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2107  50S ribosomal protein L19  78.99 
 
 		 148 aa  188  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00250382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5201  50S ribosomal protein L19  79.49 
 
 		 134 aa  187  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4734  50S ribosomal protein L19  79.49 
 
 		 134 aa  187  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5273  50S ribosomal protein L19  79.49 
 
 		 130 aa  187  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.987122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4078  50S ribosomal protein L19  77.59 
 
 		 184 aa  187  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3755  50S ribosomal protein L19  77.59 
 
 		 183 aa  186  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.649636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4426  50S ribosomal protein L19  70.68 
 
 		 131 aa  186  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4210  50S ribosomal protein L19  71.2 
 
 		 180 aa  185  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.425838  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0217  50S ribosomal protein L19  68.8 
 
 		 131 aa  176  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2663  50S ribosomal protein L19  67.44 
 
 		 129 aa  173  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3445  50S ribosomal protein L19  64.8 
 
 		 166 aa  172  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1907  50S ribosomal protein L19  66.67 
 
 		 145 aa  167  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.371938  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1835  50S ribosomal protein L19  66.67 
 
 		 145 aa  167  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.610841  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0946  50S ribosomal protein L19  65.83 
 
 		 145 aa  166  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3279  50S ribosomal protein L19  67.5 
 
 		 126 aa  166  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0087  50S ribosomal protein L19  65.6 
 
 		 146 aa  166  1e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1188  50S ribosomal protein L19  65.52 
 
 		 163 aa  164  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.186255  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2150  50S ribosomal protein L19  63.41 
 
 		 124 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.109584  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1887  50S ribosomal protein L19  66.92 
 
 		 128 aa  161  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000459449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2719  50S ribosomal protein L19  68.6 
 
 		 125 aa  160  7e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2899  50S ribosomal protein L19  63.25 
 
 		 132 aa  159  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0936  50S ribosomal protein L19  64.57 
 
 		 128 aa  158  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0118366 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0341  50S ribosomal protein L19  69.92 
 
 		 124 aa  157  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.164171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0807  50S ribosomal protein L19  67.52 
 
 		 128 aa  157  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.410607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0231  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2542  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0263241  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0400  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311266  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2231  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 130 aa  157  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2965  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.618021  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1664  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2856  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.878575  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2916  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.104076  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0916  50S ribosomal protein L19  66.4 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0878  50S ribosomal protein L19  67.52 
 
 		 128 aa  156  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.714575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0772  50S ribosomal protein L19  65.08 
 
 		 127 aa  154  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123982  normal  0.100319 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2050  50S ribosomal protein L19  67.24 
 
 		 115 aa  154  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000005578  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0742  50S ribosomal protein L19  64.34 
 
 		 127 aa  154  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2700  50S ribosomal protein L19  66.15 
 
 		 127 aa  153  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.271873  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3352  50S ribosomal protein L19  66.15 
 
 		 127 aa  153  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459545  normal  0.21243 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4186  50S ribosomal protein L19  65.6 
 
 		 130 aa  153  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0952  50S ribosomal protein L19  65.6 
 
 		 130 aa  153  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2784  50S ribosomal protein L19  65.81 
 
 		 135 aa  153  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0948  50S ribosomal protein L19  65.6 
 
 		 130 aa  153  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.757688  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1031  50S ribosomal protein L19  64.8 
 
 		 130 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0593  50S ribosomal protein L19  64.8 
 
 		 130 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095314  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1072  50S ribosomal protein L19  64.8 
 
 		 130 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242616  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2376  50S ribosomal protein L19  61.42 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.488088 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2866  50S ribosomal protein L19  66.1 
 
 		 118 aa  150  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000321036  hitchhiker  0.000000487764 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0648  50S ribosomal protein L19  64.41 
 
 		 118 aa  150  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1107  50S ribosomal protein L19  67.52 
 
 		 117 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0661  50S ribosomal protein L19  64.41 
 
 		 115 aa  149  8.999999999999999e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00126623  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2974  50S ribosomal protein L19  64.29 
 
 		 129 aa  149  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185414  normal  0.0681768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5342  ribosomal protein L19  64.34 
 
 		 146 aa  149  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1171  ribosomal protein L19  67.29 
 
 		 117 aa  148  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3063  50S ribosomal protein L19  61.72 
 
 		 126 aa  148  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.7389400000000002e-23  unclonable  0.0000000280297 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3426  50S ribosomal protein L19  63.56 
 
 		 118 aa  148  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.205181  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3488  50S ribosomal protein L19  63.56 
 
 		 118 aa  148  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5511499999999998e-20 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0549  50S ribosomal protein L19  66.38 
 
 		 115 aa  147  4e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  8.959370000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0827  50S ribosomal protein L19  67.52 
 
 		 128 aa  147  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.694399 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1632  50S ribosomal protein L19  66.38 
 
 		 115 aa  147  4e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000160789  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1009  50S ribosomal protein L19  65.81 
 
 		 128 aa  147  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0359648  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1476  ribosomal protein L19  62.31 
 
 		 127 aa  147  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.466303  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1693  50S ribosomal protein L19  64.96 
 
 		 121 aa  147  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0971  50S ribosomal protein L19  63.56 
 
 		 113 aa  145  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0751  50S ribosomal protein L19  65.12 
 
 		 130 aa  145  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2537  50S ribosomal protein L19  65.08 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155158  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1474  ribosomal protein L19  59.5 
 
 		 121 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0170029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0684  50S ribosomal protein L19  65.81 
 
 		 117 aa  145  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1464  50S ribosomal protein L19  64.1 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.889205 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1201  50S ribosomal protein L19  60.68 
 
 		 115 aa  144  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000297862  normal  0.163388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3758  50S ribosomal protein L19  63.56 
 
 		 118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000121347  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0989  ribosomal protein L19  64.04 
 
 		 118 aa  144  6e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000000485147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1282  50S ribosomal protein L19  61.07 
 
 		 131 aa  143  9e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.107761  normal  0.374965 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0395  50S ribosomal protein L19  61.54 
 
 		 114 aa  143  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1405  50S ribosomal protein L19  64.57 
 
 		 126 aa  142  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0887  50S ribosomal protein L19  64.1 
 
 		 117 aa  143  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00504476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3013  50S ribosomal protein L19  63.48 
 
 		 119 aa  142  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.028124  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2536  ribosomal protein L19  59.48 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.123548  normal  0.284207 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0572  50S ribosomal protein L19  61.83 
 
 		 135 aa  141  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0280317  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0348  ribosomal protein L19  61.06 
 
 		 121 aa  141  3e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0520  50S ribosomal protein L19  62.31 
 
 		 129 aa  140  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.228121  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1986  ribosomal protein L19  61.74 
 
 		 118 aa  140  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1093  ribosomal protein L19  61.74 
 
 		 116 aa  140  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000484447  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39530  50S ribosomal protein L19  63.48 
 
 		 116 aa  140  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0334012  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3419  ribosomal protein L19  61.82 
 
 		 116 aa  139  9e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.30141  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1024  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 		 121 aa  139  9.999999999999999e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.688153  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0439  50S ribosomal protein L19  60.34 
 
 		 121 aa  139  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>