28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1896 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1896  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 130 aa  266  8.999999999999999e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.123017  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.25 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 		 130 aa  50.4  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 124 aa  48.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.94 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.75 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  32.04 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 148 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.29 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40.38 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  31.07 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  31.07 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  27.45 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0835  hypothetical protein  27.45 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111035 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  52.94 
 
 		 61 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3053  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 		 72 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 134 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  27.85 
 
 		 119 aa  41.2  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0768  hypothetical protein  50 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.610234  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0669  hypothetical protein  50 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153904  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  27.45 
 
 		 147 aa  40.8  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 147 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 147 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 147 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>