More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2773 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 136 aa  276  6e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 		 123 aa  117  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  45.87 
 
 		 119 aa  117  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  45.38 
 
 		 127 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  47.32 
 
 		 126 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  40.77 
 
 		 138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 117 aa  105  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 118 aa  105  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 118 aa  105  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 		 118 aa  105  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 139 aa  103  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  43.55 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  101  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  42.42 
 
 		 132 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  42.42 
 
 		 132 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  42.28 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  42.28 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  100  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  100  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  41.98 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  99  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  47.17 
 
 		 119 aa  98.6  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 132 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 119 aa  97.4  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  38.71 
 
 		 123 aa  96.7  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 124 aa  96.7  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  33.59 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 132 aa  96.7  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  43.85 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 129 aa  94  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 122 aa  93.2  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 120 aa  92.8  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  39.68 
 
 		 128 aa  92.4  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  92  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 121 aa  91.7  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 		 121 aa  91.7  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  40.32 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  41.6 
 
 		 123 aa  90.9  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  42.19 
 
 		 126 aa  90.9  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  44.9 
 
 		 118 aa  89.4  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  39.06 
 
 		 147 aa  89.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 		 116 aa  89.4  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 		 116 aa  89.4  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 122 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 123 aa  87.8  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 		 122 aa  87.8  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  38.28 
 
 		 128 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  87.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  38.02 
 
 		 126 aa  87  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 122 aa  87  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 133 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  38.81 
 
 		 132 aa  86.7  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 119 aa  86.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  36.72 
 
 		 133 aa  87  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 		 122 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  33.07 
 
 		 137 aa  86.3  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  37.23 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2557  ribosome-binding factor A  35.25 
 
 		 198 aa  85.1  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.108447  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 129 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 132 aa  84.7  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 128 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 128 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 141 aa  84.3  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 118 aa  84.3  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  37.69 
 
 		 129 aa  84  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  38.06 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  38.06 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  38.06 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 127 aa  83.6  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  40.65 
 
 		 122 aa  83.6  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 116 aa  83.6  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 		 118 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  34.56 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  38.79 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  36.69 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  36.15 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>