109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0002 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  97.06 
 
 		 74 bp  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1916  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000828574  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0051  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00938855  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0017  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3075t  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0052  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126724  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0057  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0029  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.856201  normal  0.110623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0276  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.66107e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0014  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192391  hitchhiker  0.00313386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0055  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.290237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0079  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000309524  normal  0.0982951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0098  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000369381  normal  0.163162 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0062  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>