253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_R0041 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0046  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0924747  normal  0.0206503 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0014  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156388  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0047  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0122655  normal  0.0125348 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0045  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  92 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1403  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09840  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0598581  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>