41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6630 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010553  BamMC406_6630  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 140 aa  284  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.235763  hitchhiker  0.00158501 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  56.16 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  77.5 
 
 		 494 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  82.05 
 
 		 468 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  75 
 
 		 496 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  75 
 
 		 496 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  75 
 
 		 496 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  75 
 
 		 496 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  73.53 
 
 		 462 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3038  integrase catalytic subunit  60.53 
 
 		 417 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.158166  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  64.86 
 
 		 464 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  64.86 
 
 		 464 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  67.65 
 
 		 374 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  58.82 
 
 		 468 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  58.82 
 
 		 468 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  60.61 
 
 		 477 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 134 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  47.37 
 
 		 491 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0613  putative transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 123 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 121 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 146 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  46.51 
 
 		 227 aa  40.8  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  54.29 
 
 		 475 aa  40.8  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  54.29 
 
 		 475 aa  40.8  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  54.29 
 
 		 475 aa  40.8  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  30.43 
 
 		 141 aa  40.4  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2818  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 173 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 139 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  41.82 
 
 		 142 aa  40  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>