More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2198 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_1434  adenylosuccinate synthetase  84.33 
 
 
459 aa  791  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104272  normal  0.451204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2198  adenylosuccinate synthetase  100 
 
 
443 aa  909  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5009  adenylosuccinate synthetase  83.81 
 
 
458 aa  790  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.470264  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1101  adenylosuccinate synthetase  84.5 
 
 
458 aa  796  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.415884  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3162  adenylosuccinate synthetase  85.34 
 
 
458 aa  794  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2597  adenylosuccinate synthetase  87.76 
 
 
446 aa  773  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2296  adenylosuccinate synthetase  85.81 
 
 
458 aa  803  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1181  adenylosuccinate synthetase  84.28 
 
 
458 aa  795  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.4333 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1883  adenylosuccinate synthetase  88.21 
 
 
446 aa  788  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.513447  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1985  adenylosuccinate synthetase  70.11 
 
 
444 aa  632  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2857  adenylosuccinate synthetase  68.79 
 
 
445 aa  627  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2974  adenylosuccinate synthetase  65.9 
 
 
435 aa  613  1e-174  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.823957 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1583  adenylosuccinate synthetase  66.21 
 
 
440 aa  610  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.147694  unclonable  2.27018e-07 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3379  adenylosuccinate synthetase  66.97 
 
 
436 aa  597  1e-169  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2076  adenylosuccinate synthetase  67.19 
 
 
446 aa  588  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1409  adenylosuccinate synthetase  65.77 
 
 
448 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  8.7591e-07 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1606  adenylosuccinate synthetase  65.99 
 
 
448 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.54976  normal  0.323715 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2530  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  584  1e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00750177  hitchhiker  2.99679e-06 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1226  adenylosuccinate synthetase  66.59 
 
 
446 aa  578  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000419397  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1473  adenylosuccinate synthetase  66.89 
 
 
448 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209737  normal  0.290596 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1281  adenylosuccinate synthetase  65.38 
 
 
446 aa  579  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1162  adenylosuccinate synthetase  67.04 
 
 
446 aa  580  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.502883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2096  adenylosuccinate synthetase  66.37 
 
 
447 aa  580  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1739  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1712  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.12828  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5102  adenylosuccinate synthetase  65.99 
 
 
448 aa  576  1e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6278  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  577  1e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544992  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1070  adenylosuccinate synthetase  66.59 
 
 
446 aa  577  1e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.763716  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1825  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  577  1e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.260214  normal  0.42401 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0676  adenylosuccinate synthetase  64.63 
 
 
446 aa  575  1e-163  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.678663  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0607  adenylosuccinate synthetase  65.14 
 
 
432 aa  575  1e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.272974 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1801  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  577  1e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1095  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  573  1e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2178  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  574  1e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0073  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  573  1e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1333  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  573  1e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.018876  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2245  adenylosuccinate synthetase  66.22 
 
 
448 aa  574  1e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.632886  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2344  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  573  1e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1823  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  573  1e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2216  adenylosuccinate synthetase  66.44 
 
 
448 aa  574  1e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.130698  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0441  adenylosuccinate synthetase  62.87 
 
 
435 aa  571  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.83493  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2007  adenylosuccinate synthetase  60.69 
 
 
431 aa  554  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65230  adenylosuccinate synthetase  61.93 
 
 
430 aa  538  1e-152  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5667  adenylosuccinate synthetase  61.93 
 
 
430 aa  538  1e-152  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00585  adenylosuccinate synthetase  60.18 
 
 
432 aa  539  1e-152  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0903  Adenylosuccinate synthase  60.69 
 
 
430 aa  536  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.546302  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0641  adenylosuccinate synthetase  61.01 
 
 
431 aa  531  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143682 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1939  adenylosuccinate synthetase  60.23 
 
 
431 aa  531  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4889  adenylosuccinate synthetase  61.15 
 
 
430 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0250802  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4680  adenylosuccinate synthetase  61.15 
 
 
430 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1282  adenylosuccinate synthetase  61.56 
 
 
431 aa  528  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4765  adenylosuccinate synthetase  61.15 
 
 
430 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0528  adenylosuccinate synthetase  60.46 
 
 
429 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650318  normal  0.308275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4941  adenylosuccinate synthetase  61.15 
 
 
430 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348011 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0550  adenylosuccinate synthetase  61.1 
 
 
431 aa  528  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00089  adenylosuccinate synthetase  59.82 
 
 
438 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0526  adenylosuccinate synthetase  60.87 
 
 
431 aa  528  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002264  adenylosuccinate synthetase  59.77 
 
 
438 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.151372  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0660  adenylosuccinate synthetase  62.53 
 
 
431 aa  523  1e-147  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2180  adenylosuccinate synthetase  59.36 
 
 
432 aa  522  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.34883e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0577  adenylosuccinate synthetase  59.31 
 
 
430 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4937  adenylosuccinate synthetase  59.31 
 
 
430 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07600  Adenylosuccinate synthetase  59.08 
 
 
430 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3234  adenylosuccinate synthase  58.41 
 
 
437 aa  518  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000199193  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02633  adenylosuccinate synthetase  59.08 
 
 
430 aa  521  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3069  adenylosuccinate synthetase  59.86 
 
 
431 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00455582  normal  0.136181 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0330  adenylosuccinate synthetase  59.04 
 
 
431 aa  514  1e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0578  adenylosuccinate synthetase  60.14 
 
 
432 aa  518  1e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.206e-11 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1978  adenylosuccinate synthetase  58.94 
 
 
432 aa  515  1e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0215  adenylosuccinate synthetase  58.62 
 
 
432 aa  517  1e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2772  adenylosuccinate synthetase  59.36 
 
 
438 aa  516  1e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3793  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 
432 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3648  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 
432 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0694  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 
432 aa  508  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0540  adenylosuccinate synthetase  57.99 
 
 
432 aa  508  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.311763  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0497  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 
432 aa  507  1e-142  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1784  adenylosuccinate synthetase  57.7 
 
 
430 aa  504  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1719  adenylosuccinate synthetase  57.47 
 
 
430 aa  502  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2585  adenylosuccinate synthase  57.24 
 
 
431 aa  503  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0695  adenylosuccinate synthetase  57.8 
 
 
431 aa  503  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000192259  hitchhiker  4.89804e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3937  adenylosuccinate synthetase  57.8 
 
 
431 aa  503  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3266  adenylosuccinate synthetase  57.8 
 
 
431 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.10825e-05  hitchhiker  1.53755e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0681  adenylosuccinate synthetase  57.8 
 
 
431 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011524  hitchhiker  0.00031126 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3291  adenylosuccinate synthetase  57.8 
 
 
431 aa  503  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.76094e-06  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0645  adenylosuccinate synthetase  58.35 
 
 
429 aa  504  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3716  adenylosuccinate synthetase  58.45 
 
 
432 aa  501  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.316289  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2661  adenylosuccinate synthetase  56.32 
 
 
431 aa  499  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3914  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 
432 aa  501  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.923104  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0509  adenylosuccinate synthetase  56.88 
 
 
431 aa  498  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00567032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0735  adenylosuccinate synthetase  57.57 
 
 
431 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000671232  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0726  adenylosuccinate synthetase  57.57 
 
 
431 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0654832  hitchhiker  4.71969e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3649  adenylosuccinate synthetase  57.57 
 
 
431 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  7.09559e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0747  adenylosuccinate synthetase  57.8 
 
 
431 aa  500  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.03533e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3013  adenylosuccinate synthetase  59.08 
 
 
430 aa  499  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.220071  normal  0.0269955 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0677  adenylosuccinate synthetase  58.12 
 
 
429 aa  499  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0705  adenylosuccinate synthetase  57.11 
 
 
431 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0436  adenylosuccinate synthetase  57.08 
 
 
432 aa  496  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  4.72279e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3592  adenylosuccinate synthetase  57.34 
 
 
431 aa  495  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  8.97035e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4219  adenylosuccinate synthetase  56.88 
 
 
431 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  3.17238e-05  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3357  adenylosuccinate synthetase  56.88 
 
 
431 aa  497  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0113184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>