More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2296 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1883  adenylosuccinate synthetase  80.88 
 
 		 446 aa  736    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.513447  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3162  adenylosuccinate synthetase  84.68 
 
 		 458 aa  800    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2198  adenylosuccinate synthetase  85.81 
 
 		 443 aa  803    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1434  adenylosuccinate synthetase  85.05 
 
 		 459 aa  808    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104272  normal  0.451204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1181  adenylosuccinate synthetase  84.72 
 
 		 458 aa  816    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.4333 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2296  adenylosuccinate synthetase  100 
 
 		 458 aa  940    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2597  adenylosuccinate synthetase  81.86 
 
 		 446 aa  735    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5009  adenylosuccinate synthetase  84.68 
 
 		 458 aa  808    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.470264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1101  adenylosuccinate synthetase  84.93 
 
 		 458 aa  818    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.415884  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1985  adenylosuccinate synthetase  67.56 
 
 		 444 aa  624  1e-178  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2857  adenylosuccinate synthetase  66.45 
 
 		 445 aa  618  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2974  adenylosuccinate synthetase  64.14 
 
 		 435 aa  604  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.823957 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1583  adenylosuccinate synthetase  64.9 
 
 		 440 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.147694  unclonable  0.000000227018 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3379  adenylosuccinate synthetase  65.03 
 
 		 436 aa  585  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0607  adenylosuccinate synthetase  63.41 
 
 		 432 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.272974 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2076  adenylosuccinate synthetase  64.33 
 
 		 446 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1281  adenylosuccinate synthetase  61.98 
 
 		 446 aa  569  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2530  adenylosuccinate synthetase  63.96 
 
 		 448 aa  570  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00750177  hitchhiker  0.00000299679 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1606  adenylosuccinate synthetase  63.74 
 
 		 448 aa  568  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.54976  normal  0.323715 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1712  adenylosuccinate synthetase  64.04 
 
 		 448 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.12828  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0676  adenylosuccinate synthetase  61.62 
 
 		 446 aa  566  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.678663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2096  adenylosuccinate synthetase  63.52 
 
 		 447 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1739  adenylosuccinate synthetase  64.04 
 
 		 448 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1226  adenylosuccinate synthetase  63.68 
 
 		 446 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000419397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5102  adenylosuccinate synthetase  63.82 
 
 		 448 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0441  adenylosuccinate synthetase  61.23 
 
 		 435 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.83493  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1825  adenylosuccinate synthetase  64.04 
 
 		 448 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.260214  normal  0.42401 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6278  adenylosuccinate synthetase  64.04 
 
 		 448 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544992  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1473  adenylosuccinate synthetase  64.25 
 
 		 448 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209737  normal  0.290596 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1162  adenylosuccinate synthetase  63.89 
 
 		 446 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.502883 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1801  adenylosuccinate synthetase  64.04 
 
 		 448 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1409  adenylosuccinate synthetase  63.08 
 
 		 448 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000087591 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1823  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0073  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2216  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.130698  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1333  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.018876  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2178  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2344  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1095  adenylosuccinate synthetase  64.11 
 
 		 448 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2245  adenylosuccinate synthetase  63.89 
 
 		 448 aa  561  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.632886  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1070  adenylosuccinate synthetase  63.46 
 
 		 446 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.763716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2007  adenylosuccinate synthetase  58.67 
 
 		 431 aa  546  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00585  adenylosuccinate synthetase  59.73 
 
 		 432 aa  535  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65230  adenylosuccinate synthetase  60.09 
 
 		 430 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5667  adenylosuccinate synthetase  60.09 
 
 		 430 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2180  adenylosuccinate synthetase  58.72 
 
 		 432 aa  529  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000134883  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00089  adenylosuccinate synthetase  58.06 
 
 		 438 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0528  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 		 429 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650318  normal  0.308275 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0903  Adenylosuccinate synthase  58.67 
 
 		 430 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.546302  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3234  adenylosuccinate synthase  58.28 
 
 		 437 aa  525  1e-148  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000199193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0330  adenylosuccinate synthetase  58.19 
 
 		 431 aa  521  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07600  Adenylosuccinate synthetase  58 
 
 		 430 aa  524  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002264  adenylosuccinate synthetase  57.14 
 
 		 438 aa  521  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.151372  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0578  adenylosuccinate synthetase  59.47 
 
 		 432 aa  524  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000001206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0641  adenylosuccinate synthetase  58.54 
 
 		 431 aa  525  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4680  adenylosuccinate synthetase  58.22 
 
 		 430 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1939  adenylosuccinate synthetase  57.33 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0215  adenylosuccinate synthetase  58 
 
 		 432 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0660  adenylosuccinate synthetase  60.22 
 
 		 431 aa  518  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3069  adenylosuccinate synthetase  58.76 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00455582  normal  0.136181 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2772  adenylosuccinate synthetase  58.06 
 
 		 438 aa  520  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4889  adenylosuccinate synthetase  58.44 
 
 		 430 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0250802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4937  adenylosuccinate synthetase  57.11 
 
 		 430 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0577  adenylosuccinate synthetase  57.11 
 
 		 430 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4941  adenylosuccinate synthetase  58.44 
 
 		 430 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4765  adenylosuccinate synthetase  58.44 
 
 		 430 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1282  adenylosuccinate synthetase  58.63 
 
 		 431 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0550  adenylosuccinate synthetase  57.96 
 
 		 431 aa  514  1e-144  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0526  adenylosuccinate synthetase  57.74 
 
 		 431 aa  514  1e-144  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1978  adenylosuccinate synthetase  57.21 
 
 		 432 aa  508  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3291  adenylosuccinate synthetase  57.43 
 
 		 431 aa  508  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000376094  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3716  adenylosuccinate synthetase  58.06 
 
 		 432 aa  509  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.316289  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0540  adenylosuccinate synthetase  56.95 
 
 		 432 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.311763  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3914  adenylosuccinate synthetase  57.62 
 
 		 432 aa  510  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.923104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3937  adenylosuccinate synthetase  57.21 
 
 		 431 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0497  adenylosuccinate synthetase  56.95 
 
 		 432 aa  507  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0747  adenylosuccinate synthetase  57.65 
 
 		 431 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000703533  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3266  adenylosuccinate synthetase  57.21 
 
 		 431 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000110825  hitchhiker  0.0000153755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0681  adenylosuccinate synthetase  57.21 
 
 		 431 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011524  hitchhiker  0.00031126 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0695  adenylosuccinate synthetase  57.21 
 
 		 431 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000192259  hitchhiker  0.0000489804 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3649  adenylosuccinate synthetase  57.43 
 
 		 431 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000709559  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0735  adenylosuccinate synthetase  57.43 
 
 		 431 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000671232  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0705  adenylosuccinate synthetase  56.98 
 
 		 431 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343177  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3648  adenylosuccinate synthetase  56.51 
 
 		 432 aa  501  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0726  adenylosuccinate synthetase  57.43 
 
 		 431 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0654832  hitchhiker  0.0000471969 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02633  adenylosuccinate synthetase  56.22 
 
 		 430 aa  500  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3793  adenylosuccinate synthetase  56.51 
 
 		 432 aa  501  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0694  adenylosuccinate synthetase  56.51 
 
 		 432 aa  501  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2661  adenylosuccinate synthetase  55.56 
 
 		 431 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0509  adenylosuccinate synthetase  55.88 
 
 		 431 aa  499  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00567032  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3357  adenylosuccinate synthetase  55.88 
 
 		 431 aa  498  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0113184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3816  Adenylosuccinate synthase  56.29 
 
 		 432 aa  495  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4648  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  495  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.378806 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0677  adenylosuccinate synthetase  56.48 
 
 		 429 aa  495  1e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4708  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  495  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4736  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  495  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3836  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  495  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.930032  hitchhiker  0.00000195768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4644  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0436  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000472279 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4784  adenylosuccinate synthetase  56.29 
 
 		 432 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0521229  normal  0.599456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>