284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003398 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003398  queuosine Biosynthesis QueE Radical SAM  100 
 
 		 226 aa  471  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02385  hypothetical protein  87.5 
 
 		 216 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0978  hypothetical protein  76 
 
 		 245 aa  370  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0580  hypothetical protein  65.93 
 
 		 226 aa  325  5e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.894879  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0808  radical SAM domain-containing protein  63.35 
 
 		 223 aa  298  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0822  hypothetical protein  64.25 
 
 		 223 aa  295  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3167  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000157264  normal  0.548962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3084  radical SAM domain protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000255818  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3265  radical SAM domain-containing protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3148  radical SAM domain-containing protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000734892  normal  0.311004 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02622  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0912  conserved hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000203902  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02584  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000638386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3099  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  290  8e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000109551  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4033  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000488158  normal  0.75822 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2918  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.7449199999999994e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2910  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000863859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3080  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  291  8e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000477114  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0935  hypothetical protein  63.35 
 
 		 223 aa  290  9e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000274693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3313  radical SAM domain-containing protein  61.26 
 
 		 223 aa  289  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.566212  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3444  radical SAM domain-containing protein  61.26 
 
 		 223 aa  289  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0977  radical SAM domain-containing protein  61.26 
 
 		 223 aa  289  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3109  radical SAM domain protein  62.9 
 
 		 223 aa  288  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000108893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3374  hypothetical protein  62.44 
 
 		 223 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3531  hypothetical protein  62.44 
 
 		 223 aa  286  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.786232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3229  radical SAM domain-containing protein  61.54 
 
 		 223 aa  283  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000624181  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0856  hypothetical protein  60.63 
 
 		 224 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  60 
 
 		 222 aa  276  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  59.55 
 
 		 222 aa  275  5e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  59.55 
 
 		 222 aa  271  8.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  59.09 
 
 		 222 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  58.64 
 
 		 222 aa  268  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  58.64 
 
 		 222 aa  267  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  57.73 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  57.4 
 
 		 224 aa  265  5e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  58.56 
 
 		 222 aa  265  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  59.28 
 
 		 222 aa  264  8e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  56.82 
 
 		 222 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  57.27 
 
 		 222 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  57.27 
 
 		 222 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  60.63 
 
 		 222 aa  262  3e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1825  radical activating enzyme  58.56 
 
 		 233 aa  262  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.40401  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  57.27 
 
 		 222 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2014  radical activating enzyme  57.27 
 
 		 222 aa  257  9e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  55.41 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1877  radical activating enzyme  55.45 
 
 		 222 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.460246  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0220  hypothetical protein  53.39 
 
 		 223 aa  249  2e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.56743  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2551  radical activating enzyme  56.36 
 
 		 222 aa  247  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92162  normal  0.0345357 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1100  radical SAM domain-containing protein  55 
 
 		 246 aa  247  9e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2960  radical SAM family protein  51.8 
 
 		 248 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6259  Radical SAM domain protein  47.19 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7690  hypothetical protein  48.66 
 
 		 235 aa  208  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  32.74 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  33.04 
 
 		 205 aa  118  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  32.6 
 
 		 205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  35.32 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06800  hypothetical protein  35.91 
 
 		 210 aa  114  7.999999999999999e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0516243  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0659  Radical SAM domain protein  34.08 
 
 		 210 aa  112  7.000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.917391  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  35.11 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0487  radical SAM domain-containing protein  34.67 
 
 		 210 aa  108  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  33.49 
 
 		 205 aa  108  9.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  34.1 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  34.21 
 
 		 195 aa  106  3e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0080  hypothetical protein  35.84 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.557073  normal  0.147757 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18221  putative organic radical activating protein  30.65 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1783  putative organic radical activating protein  33.61 
 
 		 225 aa  105  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.644545  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  34.4 
 
 		 193 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29591  putative organic radical activating protein  30.96 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  32.57 
 
 		 209 aa  102  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18811  putative organic radical activating protein  33.47 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.533025  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2599  organic radical activating protein  32.42 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.836809  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  33.49 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0634  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19001  putative organic radical activating protein  31.28 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.843472  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18811  putative organic radical activating protein  30.89 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.409827  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1292  putative organic radical activating protein  29.52 
 
 		 213 aa  89  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21641  putative organic radical activating protein  29.52 
 
 		 213 aa  89  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.321633 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  32.77 
 
 		 210 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  29.41 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  32.03 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.798286 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0172  hypothetical protein  31.78 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  31.65 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0318  queuosine biosynthesis protein QueE  31.17 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.321571  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0162  organic radical activating protein  31.78 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.495618  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0153  hypothetical protein  31.78 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  28.63 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0357  GntS  31.78 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2364  hypothetical protein  31.78 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2285  hypothetical protein  31.78 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2794  hypothetical protein  31.78 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  30.93 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  30.08 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  30.93 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  30.93 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  30.15 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  30.8 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0138  hypothetical protein  31.36 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.620978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>