More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0961 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  69.25 
 
 
442 aa  645    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1284  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  72.05 
 
 
439 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.583067 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  100 
 
 
440 aa  899    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2253  nucleotide sugar dehydrogenase  68.2 
 
 
466 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0606  UDP-glucose 6-dehydrogenase  69.32 
 
 
442 aa  629  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.641401  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0931  nucleotide sugar dehydrogenase  68.42 
 
 
466 aa  627  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2878  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.76 
 
 
466 aa  630  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.104734  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4164  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.98 
 
 
466 aa  625  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0986  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.89 
 
 
467 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2484  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.7 
 
 
473 aa  624  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0572  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.98 
 
 
466 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2622  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.7 
 
 
473 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1051  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.98 
 
 
466 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1010  nucleotide sugar dehydrogenase  67.98 
 
 
466 aa  624  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0727492  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  67.65 
 
 
443 aa  624  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0917  UDP-glucose 6-dehydrogenase 2  67.7 
 
 
473 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853858  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2997  nucleotide sugar dehydrogenase  66.45 
 
 
467 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.218843  hitchhiker  0.00250768 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0854  nucleotide sugar dehydrogenase  67.56 
 
 
454 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0578  nucleotide sugar dehydrogenase  65.93 
 
 
453 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851366  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0913  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.11 
 
 
457 aa  619  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0750  nucleotide sugar dehydrogenase  66.23 
 
 
470 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0783  nucleotide sugar dehydrogenase  67.56 
 
 
454 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.159514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0927  UDP-glucose 6-dehydrogenase  67.54 
 
 
466 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749259  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0544  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.67 
 
 
473 aa  615  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.83 
 
 
448 aa  615  1e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2323  nucleotide sugar dehydrogenase  66.59 
 
 
440 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.68 
 
 
463 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4918  nucleotide sugar dehydrogenase  66.37 
 
 
470 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103768  hitchhiker  0.000469095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2275  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.93 
 
 
470 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74283  normal  0.168164 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1956  nucleotide sugar dehydrogenase  65.63 
 
 
482 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373537  normal  0.743154 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2245  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.19 
 
 
482 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.807872  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  66.15 
 
 
470 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  66.15 
 
 
470 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1280  nucleotide sugar dehydrogenase  66.29 
 
 
445 aa  613  9.999999999999999e-175  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000077614  normal  0.824571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.15 
 
 
470 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.15 
 
 
470 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.46 
 
 
447 aa  612  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0503  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.37 
 
 
454 aa  609  1e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  65.38 
 
 
445 aa  610  1e-173  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0423  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.67 
 
 
466 aa  608  1e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1058  nucleotide sugar dehydrogenase  65.41 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2941  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.67 
 
 
466 aa  609  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0206  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.67 
 
 
466 aa  608  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0726  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  65.27 
 
 
457 aa  607  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0132255  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0942  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.67 
 
 
466 aa  608  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.51 
 
 
447 aa  609  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.15 
 
 
470 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2567  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.67 
 
 
466 aa  608  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2565  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.49 
 
 
457 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208058  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2988  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.45 
 
 
466 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  66.15 
 
 
454 aa  607  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1642  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.16 
 
 
466 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602201  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2708  UDP-glucose 6-dehydrogenase  63.1 
 
 
447 aa  591  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0287014  decreased coverage  0.0000651143 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0956  UDP-glucose 6-dehydrogenase  63.55 
 
 
444 aa  591  1e-168  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.92 
 
 
446 aa  594  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  65.53 
 
 
448 aa  590  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  62.05 
 
 
445 aa  585  1e-166  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1072  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.08 
 
 
457 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.73 
 
 
445 aa  587  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  63.57 
 
 
450 aa  581  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1343  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.46 
 
 
440 aa  580  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.96 
 
 
449 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.28 
 
 
446 aa  581  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  62.19 
 
 
445 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  62.67 
 
 
447 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  60.91 
 
 
445 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1968  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  61.68 
 
 
448 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.250179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0400  nucleotide sugar dehydrogenase  63.33 
 
 
446 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0408  UDP-glucose 6-dehydrogenase  63.1 
 
 
446 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2077  nucleotide sugar dehydrogenase  61.68 
 
 
448 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2330  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  61.68 
 
 
448 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0299492  normal  0.148756 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  63.88 
 
 
449 aa  572  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.71 
 
 
450 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27790  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.73 
 
 
440 aa  570  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1936  nucleotide sugar dehydrogenase  60.72 
 
 
450 aa  565  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  62.05 
 
 
440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  59.68 
 
 
440 aa  564  1.0000000000000001e-159  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2287  nucleotide sugar dehydrogenase  60.5 
 
 
450 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.94 
 
 
450 aa  558  1e-158  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1430  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.59 
 
 
450 aa  559  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000289789  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0484  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.45 
 
 
446 aa  558  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323264  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1405  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.05 
 
 
440 aa  560  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.45 
 
 
446 aa  558  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  61.71 
 
 
450 aa  556  1e-157  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2236  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.96 
 
 
452 aa  557  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1816  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.09 
 
 
453 aa  551  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  59.01 
 
 
451 aa  545  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0901  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.45 
 
 
440 aa  540  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.665804  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3394  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.45 
 
 
440 aa  540  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.852833  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1466  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.01 
 
 
445 aa  531  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.434969  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.33 
 
 
452 aa  531  1e-150  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.69 
 
 
467 aa  530  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.62 
 
 
445 aa  525  1e-148  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2926  UDP-glucose dehydrogenase, putative  56.95 
 
 
442 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0731315  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2848  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.58 
 
 
459 aa  519  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.92 
 
 
445 aa  519  1e-146  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1586  putative nucleotide sugar dehydrogenase  56.95 
 
 
464 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18300  putative nucleotide sugar dehydrogenase  56.49 
 
 
464 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0219649  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  56.62 
 
 
440 aa  520  1e-146  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1388  UDP-glucose 6-dehydrogenase  57.08 
 
 
442 aa  520  1e-146  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>