195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2566 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2566  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
117 aa  232  1e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  3.89838e-06  unclonable  3.22827e-08 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  93.16 
 
 
118 aa  215  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.62 
 
 
117 aa  205  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.62 
 
 
117 aa  205  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2577  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.62 
 
 
117 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611684 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0513  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.48 
 
 
117 aa  197  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1401  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.42 
 
 
118 aa  179  8e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0891188 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2867  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  65 
 
 
141 aa  141  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.934104  normal  0.0189372 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.33 
 
 
132 aa  134  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.21 
 
 
130 aa  134  6e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2646  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.5 
 
 
130 aa  133  7e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.192683  normal  0.0194181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2607  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.48 
 
 
130 aa  133  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00298684  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0992  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.02 
 
 
134 aa  132  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.310133  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1145  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.02 
 
 
134 aa  132  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.62 
 
 
130 aa  131  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.48 
 
 
130 aa  131  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2637  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.84 
 
 
134 aa  129  1e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0999  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.87 
 
 
129 aa  129  1e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00888073 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.62 
 
 
130 aa  129  1e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0030  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.54 
 
 
137 aa  129  1e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.480574  normal  0.0218985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.76 
 
 
130 aa  129  2e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0644  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.33 
 
 
133 aa  129  2e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0032  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.2 
 
 
136 aa  127  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195903  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.26 
 
 
129 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0651  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.5 
 
 
133 aa  127  4e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.517828  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1895  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.38 
 
 
136 aa  125  2e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000285128 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0676  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.32 
 
 
135 aa  123  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3197  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.2 
 
 
136 aa  122  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114465  normal  0.694875 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3393  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.2 
 
 
136 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.2 
 
 
136 aa  122  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.192776 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0467  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.5 
 
 
132 aa  122  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0571588  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.14 
 
 
131 aa  121  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2446  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.41 
 
 
131 aa  121  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.06 
 
 
138 aa  117  4e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.18 
 
 
114 aa  112  1e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1727  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.18 
 
 
119 aa  112  2e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.121301 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.44 
 
 
123 aa  110  4e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.229817  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.44 
 
 
114 aa  110  7e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.29 
 
 
113 aa  102  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0377  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.23 
 
 
132 aa  101  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.648225  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0530  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.29 
 
 
136 aa  99  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0110706  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.06 
 
 
121 aa  78.6  3e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.91 
 
 
74 aa  77  7e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.27 
 
 
91 aa  75.1  3e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.16 
 
 
95 aa  72.4  2e-12  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.81 
 
 
123 aa  72  3e-12  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.91 
 
 
80 aa  71.6  4e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
107 aa  70.9  5e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  59.09 
 
 
67 aa  70.9  6e-12  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  59.09 
 
 
67 aa  70.9  6e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
107 aa  70.1  9e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.09 
 
 
70 aa  70.1  1e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.07 
 
 
87 aa  69.7  1e-11  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
86 aa  69.7  1e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
86 aa  69.7  1e-11  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
86 aa  69.3  2e-11  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.15 
 
 
93 aa  68.6  3e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
88 aa  68.2  4e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
88 aa  68.2  4e-11  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
87 aa  67  7e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
69 aa  67  7e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2400  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.11 
 
 
70 aa  66.6  1e-10  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0782645  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.41 
 
 
91 aa  66.6  1e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  9.20527e-07 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2285  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.46 
 
 
68 aa  66.6  1e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153999  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.41 
 
 
91 aa  66.6  1e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.57 
 
 
70 aa  65.9  2e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
87 aa  66.2  2e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3212  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
68 aa  65.5  3e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.44072e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.82 
 
 
87 aa  65.5  3e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.33 
 
 
90 aa  65.5  3e-10  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2326  RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
69 aa  64.7  4e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.68364e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.38 
 
 
74 aa  64.3  5e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.44 
 
 
68 aa  64.3  5e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1051  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
68 aa  64.3  6e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.07419e-06 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1334  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.69 
 
 
67 aa  63.9  7e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2716  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  63.9  7e-10  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  54.55 
 
 
87 aa  63.9  7e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4018  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
71 aa  63.5  8e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.506411  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.18 
 
 
69 aa  63.5  8e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
68 aa  63.9  8e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0730  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.8  1e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240261 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  48.78 
 
 
97 aa  62.8  1e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
86 aa  62  2e-09  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
97 aa  62.4  2e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.18 
 
 
87 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.18 
 
 
87 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3259  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.36 
 
 
99 aa  62.4  2e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.546002  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.14 
 
 
91 aa  61.6  3e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2027  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 
67 aa  61.6  3e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269259  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4177  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.14 
 
 
91 aa  61.6  3e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00539722  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.26 
 
 
92 aa  61.6  3e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.41 
 
 
90 aa  61.6  3e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.56 
 
 
90 aa  62  3e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.7 
 
 
67 aa  61.6  4e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3148  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.56 
 
 
67 aa  61.2  4e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0044  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.14 
 
 
91 aa  61.6  4e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4868  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.36 
 
 
91 aa  61.6  4e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471726 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>