194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0377 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0377  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
132 aa  257  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.648225  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0530  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.91 
 
 
136 aa  173  9e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0110706  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2867  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.17 
 
 
141 aa  115  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.934104  normal  0.0189372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0992  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.18 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.310133  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1145  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.18 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0467  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0571588  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.85 
 
 
130 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.85 
 
 
130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183581  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.85 
 
 
130 aa  107  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.79 
 
 
132 aa  107  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.36 
 
 
130 aa  107  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.12 
 
 
123 aa  107  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.229817  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.63 
 
 
129 aa  107  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2646  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.09 
 
 
130 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.192683  normal  0.0194181 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2637  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.65 
 
 
134 aa  106  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0676  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.35 
 
 
135 aa  106  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2607  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.95 
 
 
130 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00298684  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.63 
 
 
130 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0644  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.4 
 
 
133 aa  104  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0651  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.4 
 
 
133 aa  103  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.517828  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1727  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.42 
 
 
119 aa  103  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.121301 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.19 
 
 
131 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0999  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
129 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00888073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
138 aa  101  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.49 
 
 
114 aa  101  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0030  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.86 
 
 
137 aa  101  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.480574  normal  0.0218985 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0032  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.11 
 
 
136 aa  101  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195903  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2566  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.23 
 
 
117 aa  101  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000389838  unclonable  0.0000000322827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.38 
 
 
117 aa  100  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.38 
 
 
117 aa  100  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.57 
 
 
118 aa  100  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0513  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.38 
 
 
117 aa  100  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.86 
 
 
114 aa  100  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2577  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.38 
 
 
117 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611684 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2446  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.01 
 
 
131 aa  100  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.75 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3197  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.82 
 
 
136 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114465  normal  0.694875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.82 
 
 
136 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.192776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1895  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.68 
 
 
136 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000285128 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3393  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.82 
 
 
136 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1401  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.68 
 
 
118 aa  96.7  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0891188 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.61 
 
 
74 aa  78.6  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.94 
 
 
121 aa  77.8  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.82 
 
 
80 aa  77  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.27 
 
 
91 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.07 
 
 
107 aa  73.6  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
123 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.38 
 
 
93 aa  72  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
87 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1334  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
86 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3148  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.92 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
86 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
87 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  59.32 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  59.32 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
87 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3584  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.85 
 
 
67 aa  67  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0312351  normal  0.0631648 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
87 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
87 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
87 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2716  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.85 
 
 
67 aa  66.6  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  60.34 
 
 
86 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0730  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240261 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2027  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269259  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0863  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.69189  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
88 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.97 
 
 
70 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
88 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00563385  hitchhiker  0.00000123174 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
87 aa  65.5  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.9 
 
 
107 aa  65.9  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  62.96 
 
 
91 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  62.96 
 
 
91 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4330  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311338  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.63 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2400  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.772935 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.02 
 
 
74 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.55 
 
 
87 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
87 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
87 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  67.27 
 
 
97 aa  63.9  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.27 
 
 
97 aa  63.9  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3259  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
99 aa  63.9  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.546002  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2275  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0173357  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.82 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4219  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1955  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.3797 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.37 
 
 
83 aa  63.5  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378919  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.82 
 
 
86 aa  63.5  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000451528  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2095  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3084  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.590238  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4108  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00419927  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0960  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0844309  normal  0.542066 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>