More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2313 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
280 aa  550  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.22 
 
 
293 aa  334  9e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
274 aa  314  9e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  hitchhiker  0.000350702 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
274 aa  264  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
272 aa  226  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  43.7 
 
 
272 aa  226  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.75 
 
 
279 aa  225  5.0000000000000005e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
270 aa  223  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
273 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
270 aa  218  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
273 aa  216  5e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
294 aa  215  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000948808  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  39.25 
 
 
269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  41.37 
 
 
281 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  42.91 
 
 
273 aa  211  7.999999999999999e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
275 aa  211  9e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
275 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
283 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0788706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  37.32 
 
 
277 aa  208  6e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
277 aa  206  5e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 
277 aa  205  6e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
271 aa  205  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
301 aa  204  1e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
284 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
271 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  42.63 
 
 
271 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3424  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  40.54 
 
 
277 aa  204  2e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  40.54 
 
 
276 aa  202  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
280 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  39.76 
 
 
278 aa  201  8e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.84 
 
 
291 aa  201  9e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
275 aa  201  9.999999999999999e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
275 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.466926 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  38.58 
 
 
280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
280 aa  198  7.999999999999999e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  39.59 
 
 
278 aa  195  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2748  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.45 
 
 
306 aa  195  9e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.925228  normal  0.18236 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
281 aa  193  2e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
287 aa  193  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.54 
 
 
295 aa  193  3e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
315 aa  192  4e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
298 aa  192  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
279 aa  192  5e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.88 
 
 
296 aa  192  6e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
324 aa  192  7e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
295 aa  191  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
308 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
275 aa  188  7e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
300 aa  188  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
268 aa  188  9e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
278 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
279 aa  188  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000188602  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  37.41 
 
 
277 aa  188  1e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
268 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
310 aa  186  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
278 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.482027  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
267 aa  186  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000705466  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
301 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00963253  hitchhiker  0.006941 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 
275 aa  186  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
294 aa  185  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000583333  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1924  sugar ABC transporter, permease protein  38.11 
 
 
271 aa  185  9e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444482  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
288 aa  183  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125554  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7346  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.36 
 
 
278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
292 aa  183  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.660216  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0605  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
273 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4734  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
301 aa  181  8.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107146  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
273 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0631  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  36.33 
 
 
273 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  36 
 
 
273 aa  181  1e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
296 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.500307  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
297 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
315 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
349 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.470539 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
349 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.59414  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2532  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.49 
 
 
275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0699  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
273 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29400  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.84 
 
 
305 aa  179  4e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709644  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5763  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  40.18 
 
 
350 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.411796  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
276 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0479  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  35.94 
 
 
273 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0481  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  35.94 
 
 
273 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29430  ABC-type sugar transport system, permease component  39.83 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0624  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
273 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0537  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  35.94 
 
 
273 aa  178  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0568  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  35.94 
 
 
273 aa  178  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
287 aa  178  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0110581  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
271 aa  178  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0255  ABC-type maltose transport system, permease component  33.83 
 
 
276 aa  178  8e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
390 aa  178  8e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5582  ABC transporter membrane spanning protein (galacturonic acid)  37.19 
 
 
293 aa  178  9e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
272 aa  178  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
277 aa  177  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
309 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>