More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0088 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0088  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
118 aa  242  1e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0082  MerR family transcriptional regulator  93.22 
 
 
118 aa  226  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0082  MerR family transcriptional regulator  87.18 
 
 
118 aa  213  1e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0088  MerR family transcriptional regulator  87.18 
 
 
118 aa  211  3e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0085  transcriptional regulator, MerR family  86.32 
 
 
118 aa  209  9e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4267  MerR family transcriptional regulator  86.32 
 
 
118 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3138  MerR family transcriptional regulator  61.61 
 
 
117 aa  146  1e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.267666  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4050  MerR family transcriptional regulator  57.52 
 
 
122 aa  136  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3872  transcriptional regulator, MerR family protein  54.87 
 
 
118 aa  129  2e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02350  transcriptional regulator, MerR family  50.44 
 
 
156 aa  113  8e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0160379  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2220  MerR family transcriptional regulator  47.79 
 
 
164 aa  112  1e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4935  MerR family transcriptional regulator  46.61 
 
 
139 aa  112  2e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.327998  normal  0.0174485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2386  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
255 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1864  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
198 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0033  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
164 aa  111  4e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.154988  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1374  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
164 aa  111  4e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.43042  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2258  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
164 aa  111  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.214399  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2208  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
190 aa  110  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.194329  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1754  MerR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
153 aa  108  2e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1782  MerR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
153 aa  108  2e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1569  MerR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
144 aa  108  2e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.418349 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2652  transcriptional regulator, MerR family  46.55 
 
 
123 aa  106  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0943  MerR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
138 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1868  MerR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
153 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158881  hitchhiker  0.000791021 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1844  MerR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
153 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.051898  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6235  MerR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
153 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204034  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2189  MerR family transcriptional regulator  41.59 
 
 
130 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6425  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 
131 aa  103  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1484  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 
170 aa  103  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5145  MerR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
153 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130507  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1516  MerR family transcriptional regulator  40.17 
 
 
201 aa  102  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.699928  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1429  MerR family transcriptional regulator  42.48 
 
 
153 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271555  decreased coverage  0.000928648 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0745  aldo/keto reductase  44.07 
 
 
449 aa  100  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1816  transcriptional regulator, MerR family  44.25 
 
 
164 aa  100  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2478  transcriptional regulator, MerR family  49.12 
 
 
185 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.263723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2084  transcriptional regulator, MerR family  49.12 
 
 
191 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7602  putative transcriptional regulator, MerR family  40.18 
 
 
120 aa  97.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.621201  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0528  transcriptional regulator, MerR family  40.18 
 
 
143 aa  97.1  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.878422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2371  MerR family transcriptional regulator  41.59 
 
 
168 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00484931  normal  0.175809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7947  putative transcriptional regulator, MerR family  42.73 
 
 
124 aa  95.9  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2240  transcriptional regulator  46.43 
 
 
125 aa  95.1  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0088  aldo/keto reductase  40 
 
 
491 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23510  predicted transcriptional regulator  40.71 
 
 
138 aa  94  7e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.719058  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3338  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 
124 aa  92  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.770495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0836  MerR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
155 aa  91.3  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3285  transcriptional regulator, MerR family  37.61 
 
 
128 aa  89.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200558  normal  0.212235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5353  transcriptional regulator, MerR family  38.14 
 
 
131 aa  90.1  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.657769  normal  0.551458 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3322  regulatory protein, MerR  39.82 
 
 
122 aa  87.8  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4023  MerR family transcriptional regulator  41.74 
 
 
127 aa  87.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3223  transcriptional regulator, MerR family  40.18 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0351444  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3507  transcriptional regulator, MerR family  41.07 
 
 
158 aa  87  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.278393 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3555  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
122 aa  86.3  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0311437  normal  0.0197262 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0636  transcriptional regulator, MerR family  39.29 
 
 
160 aa  86.3  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0738  MerR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
126 aa  86.7  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0876776  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1799  transcriptional regulator, MerR family  39.82 
 
 
127 aa  85.9  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.21338  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1384  regulatory protein, MerR  41.75 
 
 
132 aa  84  6e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2558  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 
128 aa  82.8  1e-15  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.327244 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1332  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 
128 aa  82.4  2e-15  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0224558 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0440  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
129 aa  82.4  2e-15  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.394631  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0487  transcriptional regulator, MerR family  36.94 
 
 
140 aa  82  2e-15  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.452136  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1435  transcriptional regulator, MerR family  40.37 
 
 
132 aa  82.4  2e-15  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0777608  normal  0.768186 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0626  transcriptional regulator  40 
 
 
115 aa  81.6  3e-15  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3633  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 
156 aa  81.3  5e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0079  transcriptional regulator  37.96 
 
 
120 aa  81.3  5e-15  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1319  transcriptional regulator, MerR family  38.39 
 
 
127 aa  80.5  7e-15  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.505264  normal  0.026746 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1570  transcriptional regulator  36.89 
 
 
144 aa  80.1  1e-14  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0435  putative transcriptional regulator, MerR family  36.13 
 
 
165 aa  80.1  1e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517587  normal  0.257454 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2312  putative transcriptional regulator, MerR family  35.96 
 
 
198 aa  78.6  2e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1810  transcriptional regulator, MerR family  33.93 
 
 
161 aa  78.6  3e-14  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.145688  normal  0.140149 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0743  MerR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
119 aa  77.4  5e-14  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0923  MerR family transcriptional regulator  40.19 
 
 
119 aa  77.8  5e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.190958  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2620  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
159 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2664  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
159 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.674524 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2649  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
159 aa  76.6  1e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4449  mercuric resistance operon regulatory protein  44.71 
 
 
119 aa  75.5  2e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00937003  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0886  mercuric resistance operon regulatory protein  44.71 
 
 
119 aa  75.9  2e-13  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.374839  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3639  putative transcriptional regulator, MerR family  33.62 
 
 
139 aa  75.1  3e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18180  predicted transcriptional regulator  34.55 
 
 
152 aa  75.1  3e-13  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.575083  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1547  MerR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
143 aa  74.7  4e-13  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0148728  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1187  transcriptional regulator, MerR family  31.86 
 
 
129 aa  73.9  7e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1560  transcriptional regulator, MerR family  31.25 
 
 
151 aa  72.4  2e-12  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000421328  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0427  MerR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
129 aa  72.4  2e-12  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1615  MerR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
145 aa  72  3e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.116255  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1817  transcriptional regulator, MerR family  31.9 
 
 
126 aa  72  3e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04780  transcriptional regulator, MerR family  34.55 
 
 
118 aa  70.9  5e-12  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000795596  normal  0.576293 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
128 aa  70.9  5e-12  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3563  transcriptional regulator, MerR family  31.03 
 
 
126 aa  71.2  5e-12  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4570  regulatory protein MerR  33.93 
 
 
149 aa  69.7  1e-11  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.922627  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1968  transcriptional regulator, MerR family  31.3 
 
 
151 aa  68.9  2e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.631262  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  40.59 
 
 
149 aa  68.9  2e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1955  MerR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
128 aa  68.9  2e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0438  transcriptional regulator, MerR family  37.96 
 
 
137 aa  69.3  2e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  33.96 
 
 
171 aa  68.9  2e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0450  transcriptional regulator, MerR family  30.77 
 
 
116 aa  68.6  3e-11  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.58699  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
129 aa  68.6  3e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  3.11414e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2511  MerR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
119 aa  67.8  5e-11  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.22268  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  34.91 
 
 
142 aa  67.8  5e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
142 aa  67.4  6e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
146 aa  67.4  6e-11  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1781  transcriptional regulator, MerR family  29.31 
 
 
126 aa  67.4  6e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>