More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3137 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2127  CTP synthetase  63 
 
 
552 aa  687  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0913295  normal  0.042023 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0341  CTP synthetase  57.78 
 
 
553 aa  649  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.524344  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1184  CTP synthetase  91.19 
 
 
546 aa  1006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0154566  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0794  CTP synthetase  77.06 
 
 
545 aa  861  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0895398  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1289  CTP synthetase  91.18 
 
 
545 aa  1005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.934915  hitchhiker  2.80114e-09 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3084  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  857  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.46787e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2924  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  857  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.6445e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03526  CTP synthetase  79.67 
 
 
546 aa  886  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0320  CTP synthetase  64.38 
 
 
555 aa  738  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3317  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  865  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00384789  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3137  CTP synthetase  100 
 
 
545 aa  1118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.10473e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3280  CTP synthetase  100 
 
 
545 aa  1118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.22232e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5105  CTP synthetase  59.96 
 
 
552 aa  686  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1161  CTP synthetase  63.55 
 
 
553 aa  691  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00650114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3351  CTP synthetase  90.81 
 
 
545 aa  996  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.38422e-06  hitchhiker  2.52338e-05 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3107  CTP synthetase  61.08 
 
 
542 aa  637  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4064  CTP synthetase  69.44 
 
 
542 aa  782  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.00969e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2918  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  857  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000134002  normal  0.938704 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0932  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  857  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000109112  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2180  CTP synthetase  61.4 
 
 
540 aa  674  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1164  CTP synthetase  70 
 
 
542 aa  788  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309398  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2304  CTP synthetase  58.77 
 
 
533 aa  650  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0258787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0980  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  865  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0184119  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1872  CTP synthetase  64.56 
 
 
555 aa  742  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1502  CTP synthetase  68.91 
 
 
542 aa  776  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1298  CTP synthetase  69.4 
 
 
544 aa  755  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1670  CTP synthetase  63.96 
 
 
543 aa  736  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0004808  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1923  CTP synthetase  57.14 
 
 
542 aa  639  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0447943  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3123  CTP synthetase  63.37 
 
 
553 aa  686  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.839664  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0218  CTP synthetase  61 
 
 
557 aa  673  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.682216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2845  CTP synthetase  60.93 
 
 
555 aa  694  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3447  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  865  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.125216  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1439  CTP synthetase  66.17 
 
 
551 aa  759  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0767506  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2653  CTP synthetase  61.57 
 
 
554 aa  703  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476334  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2195  CTP synthetase  63.55 
 
 
553 aa  687  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.136999  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1000  CTP synthetase  61.43 
 
 
552 aa  699  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1185  CTP synthetase  61.3 
 
 
566 aa  694  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279088  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3128  CTP synthetase  100 
 
 
545 aa  1118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.12535e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2579  CTP synthetase  63.55 
 
 
570 aa  687  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2633  CTP synthetase  63.55 
 
 
553 aa  687  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267072  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4167  CTP synthetase  70 
 
 
542 aa  789  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2348  CTP synthetase  60.34 
 
 
544 aa  635  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2026  CTP synthetase  78.9 
 
 
545 aa  883  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.06175e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3035  CTP synthetase  69.63 
 
 
543 aa  783  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2758  CTP synthetase  98.35 
 
 
545 aa  1109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.21418e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3234  CTP synthetase  76.88 
 
 
545 aa  855  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.108478  normal  0.167491 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0945  CTP synthetase  64.36 
 
 
553 aa  711  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3181  CTP synthetase  58.04 
 
 
533 aa  648  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  1.27982e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1204  CTP synthetase  91.54 
 
 
545 aa  1016  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000204322  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1468  CTP synthetase  63.55 
 
 
553 aa  687  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.915674  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1327  CTP synthetase  62.41 
 
 
559 aa  712  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0614  CTP synthetase  62.18 
 
 
554 aa  696  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1472  CTP synthase  66.54 
 
 
555 aa  761  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3337  CTP synthetase  58.47 
 
 
531 aa  655  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3443  CTP synthetase  61.79 
 
 
559 aa  700  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38810  CTP synthetase  68.7 
 
 
543 aa  774  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0078  CTP synthetase  56.09 
 
 
541 aa  640  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0915  CTP synthetase  60.69 
 
 
552 aa  690  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1182  CTP synthetase  67.83 
 
 
547 aa  777  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154303  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0291  CTP synthetase  58.61 
 
 
534 aa  660  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5568  CTP synthetase  60.15 
 
 
542 aa  639  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4327  CTP synthetase  58.44 
 
 
555 aa  634  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0975  CTP synthetase  59.52 
 
 
547 aa  651  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1065  CTP synthetase  63.37 
 
 
553 aa  698  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.242214  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0851  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  870  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.718725  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02587  hypothetical protein  77.61 
 
 
545 aa  857  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  4.48332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002506  CTP synthase  79.85 
 
 
546 aa  889  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.44608e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0662  CTP synthetase  65.8 
 
 
549 aa  756  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3546  CTP synthetase  77.8 
 
 
545 aa  871  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.319246  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3446  CTP synthetase  58.29 
 
 
531 aa  647  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0051  CTP synthetase  58.61 
 
 
547 aa  640  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1607  CTP synthetase  58.52 
 
 
546 aa  651  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.353292 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0054  CTP synthetase  58.4 
 
 
536 aa  636  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  5.43339e-08  hitchhiker  0.00121166 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0156  CTP synthetase  57.17 
 
 
546 aa  634  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3387  CTP synthetase  78.17 
 
 
545 aa  874  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0942417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0817  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  870  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.351659  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4844  CTP synthetase  55.82 
 
 
532 aa  641  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00361153  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0433  CTP synthetase  58.44 
 
 
550 aa  654  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589327 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0847  CTP synthetase  63.03 
 
 
545 aa  668  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.234606  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1448  CTP synthetase  63.94 
 
 
554 aa  686  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5202  CTP synthetase  60.71 
 
 
542 aa  637  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.893159  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00174  CTP synthetase  62.83 
 
 
554 aa  700  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142517  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0969  CTP synthetase  63.74 
 
 
553 aa  700  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.471871  normal  0.0231208 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2562  CTP synthetase  63.55 
 
 
557 aa  695  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.542571  normal  0.0982923 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3093  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  857  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.106381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1441  CTP synthetase  64.47 
 
 
553 aa  702  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0566  CTP synthetase  62.18 
 
 
554 aa  696  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.796665  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2019  CTP synthetase  63.19 
 
 
552 aa  688  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0440235 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0899  CTP synthetase  63.49 
 
 
558 aa  695  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.995561  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3169  CTP synthetase  78.17 
 
 
545 aa  865  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0659472  normal  0.252968 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3150  CTP synthetase  78.17 
 
 
545 aa  865  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0858121  normal  0.288938 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3111  CTP synthetase  78.35 
 
 
545 aa  867  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0510  CTP synthetase  61.38 
 
 
542 aa  640  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.741524 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1236  CTP synthetase  99.82 
 
 
545 aa  1118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.61678e-07  hitchhiker  2.00253e-09 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1661  CTP synthetase  64.17 
 
 
550 aa  712  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4040  CTP synthetase  77.61 
 
 
545 aa  857  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  5.38941e-06  normal  0.515613 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2515  CTP synthetase  78.74 
 
 
546 aa  880  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0973  CTP synthetase  63.03 
 
 
545 aa  668  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0924832 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3267  CTP synthetase  78.17 
 
 
545 aa  865  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0428959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3086  CTP synthetase  78.17 
 
 
545 aa  863  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>