85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0549 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A0549  inner membrane protein YbbJ  100 
 
 
150 aa  294  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0564  inner membrane protein YbbJ  98.67 
 
 
150 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0547  inner membrane protein YbbJ  98.67 
 
 
150 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0608  hypothetical protein  98.67 
 
 
150 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0554  inner membrane protein YbbJ  98.67 
 
 
150 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0592  nodulation efficiency family protein  83.33 
 
 
152 aa  234  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.685146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3128  hypothetical protein  82.67 
 
 
152 aa  234  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  7.72435e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00439  conserved inner membrane protein  83.89 
 
 
151 aa  234  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0527  nodulation efficiency family protein  82.67 
 
 
152 aa  234  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0567  nodulation efficiency family protein  82.67 
 
 
152 aa  234  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3122  protein of unknown function DUF107  82.67 
 
 
152 aa  234  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00444  hypothetical protein  83.89 
 
 
151 aa  234  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0423  nodulation efficiency family protein  82 
 
 
152 aa  234  4e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0537  nodulation efficiency family protein  82.67 
 
 
152 aa  233  7e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0964  hypothetical protein  77.18 
 
 
150 aa  221  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634862  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  56.38 
 
 
151 aa  151  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  58.94 
 
 
153 aa  149  9e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  3.02368e-07 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  58 
 
 
149 aa  147  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  58 
 
 
149 aa  147  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  58 
 
 
149 aa  147  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  55.7 
 
 
151 aa  146  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  59.46 
 
 
151 aa  146  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1033  protein of unknown function DUF107  57.43 
 
 
149 aa  140  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  40.29 
 
 
153 aa  108  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  42.75 
 
 
149 aa  102  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  37.68 
 
 
153 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  40.14 
 
 
148 aa  98.2  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0281  membrane protein  36.36 
 
 
150 aa  91.3  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0496  hypothetical protein  36.36 
 
 
149 aa  88.6  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41983  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3111  hypothetical protein  40.16 
 
 
147 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  38.03 
 
 
150 aa  86.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  36.62 
 
 
148 aa  85.1  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  35 
 
 
153 aa  84  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1881  hypothetical protein  36.88 
 
 
150 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471447  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  37.86 
 
 
153 aa  78.6  3e-14  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  36.11 
 
 
144 aa  74.7  4e-13  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  33.57 
 
 
155 aa  73.6  8e-13  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2220  hypothetical protein  34.06 
 
 
153 aa  72.8  1e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  30.37 
 
 
147 aa  71.6  3e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  32.86 
 
 
155 aa  71.2  4e-12  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  36.5 
 
 
148 aa  70.5  7e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  35.56 
 
 
149 aa  70.1  1e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01653  nodulation protein nfed, C-terminal only  37.98 
 
 
144 aa  68.9  2e-11  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  36.62 
 
 
151 aa  68.6  3e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4540  hypothetical protein  35.92 
 
 
153 aa  67.8  5e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  36.62 
 
 
153 aa  67  9e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  35.51 
 
 
149 aa  65.5  2e-10  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68830  hypothetical protein  37.96 
 
 
150 aa  65.1  3e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5956  hypothetical protein  35.94 
 
 
156 aa  64.3  5e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755267  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2705  hypothetical protein  33.06 
 
 
151 aa  63.2  1e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4420  hypothetical protein  30.07 
 
 
151 aa  63.5  1e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0572  regulator of membrane protease activity  33.09 
 
 
147 aa  62.8  2e-09  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0156  hypothetical protein  31.75 
 
 
138 aa  62  2e-09  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.867378  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0137  hypothetical protein  29.92 
 
 
143 aa  61.6  3e-09  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2063  hypothetical protein  29.5 
 
 
142 aa  60.8  7e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00757659  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3244  hypothetical protein  28.78 
 
 
142 aa  59.7  1e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00265616  normal  0.45038 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2173  hypothetical protein  28.06 
 
 
142 aa  59.3  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2145  hypothetical protein  28.06 
 
 
142 aa  59.3  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  37.23 
 
 
151 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1879  hypothetical protein  28.06 
 
 
142 aa  58.5  3e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0930  hypothetical protein  35.04 
 
 
148 aa  58.2  4e-08  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2105  hypothetical protein  28.06 
 
 
142 aa  57  8e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1889  hypothetical protein  28.06 
 
 
142 aa  57  8e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3721  hypothetical protein  31.3 
 
 
152 aa  56.2  1e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  27.34 
 
 
142 aa  56.6  1e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3074  protein of unknown function DUF107  37.5 
 
 
147 aa  55.8  2e-07  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.091218 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2074  hypothetical protein  27.34 
 
 
142 aa  55.5  3e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1927  hypothetical protein  27.34 
 
 
142 aa  55.5  3e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1559  hypothetical protein  27.34 
 
 
142 aa  54.3  6e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.151405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  31.08 
 
 
150 aa  53.9  8e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  30.66 
 
 
157 aa  52.8  2e-06  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0062  hypothetical protein  25.52 
 
 
140 aa  51.2  4e-06  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0560345  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0062  hypothetical protein  24.83 
 
 
140 aa  50.1  9e-06  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.351134  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  27.08 
 
 
150 aa  48.9  2e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0505  protein of unknown function DUF107  25 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  26.17 
 
 
145 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3436  hypothetical protein  22.38 
 
 
152 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0488184  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  27.14 
 
 
145 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3005  protein of unknown function DUF107  29.45 
 
 
144 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2226  putative integral membrane protein  33.93 
 
 
146 aa  41.6  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  27.46 
 
 
143 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0841  hypothetical protein  27.78 
 
 
394 aa  40.8  0.006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  27.14 
 
 
154 aa  40.8  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1704  nucleolar GTP-binding 1  26.03 
 
 
154 aa  40.4  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1879  hypothetical protein  26.81 
 
 
160 aa  40.4  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0165803  normal  0.0358717 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>