48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4943 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3867  malonate decarboxylase, gamma subunit  100 
 
 		 276 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4943  malonate decarboxylase, gamma subunit  100 
 
 		 276 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0583911 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0950  malonate decarboxylase gamma subunit  69.63 
 
 		 268 aa  335  5e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10320  Malonate decarboxylase gamma subunit  62.92 
 
 		 268 aa  316  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.056312  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2442  malonate decarboxylase, gamma subunit  63.88 
 
 		 263 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.556713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02590  malonate decarboxylase gamma subunit  61.85 
 
 		 268 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0619996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0296  malonate decarboxylase subunit gamma  62.59 
 
 		 268 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.526825  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2879  malonate decarboxylase, gamma subunit  65.02 
 
 		 263 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.994306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0446  malonate decarboxylase gamma subunit  60.53 
 
 		 266 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  59.85 
 
 		 266 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2608  malonate decarboxylase, gamma subunit  60.37 
 
 		 266 aa  293  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0803004  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1243  malonate decarboxylase, gamma subunit  59.93 
 
 		 267 aa  291  7e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4929  malonate decarboxylase gamma subunit  59.09 
 
 		 273 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.616549  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5298  malonate decarboxylase gamma subunit  62.12 
 
 		 261 aa  277  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47948  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3775  malonate decarboxylase gamma subunit  56.06 
 
 		 266 aa  266  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0108609 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3656  malonate decarboxylase gamma subunit  53.58 
 
 		 264 aa  262  4e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  56.67 
 
 		 272 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172964  normal  0.178528 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4817  malonate decarboxylase, gamma subunit  54.51 
 
 		 272 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0587607  normal  0.0256459 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1848  putative malonate decarboxylase gamma subunit  54.28 
 
 		 272 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415688  normal  0.0801286 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4589  malonate decarboxylase gamma subunit  50.19 
 
 		 280 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3295  malonate decarboxylase gamma subunit  33.86 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1060  malonate decarboxylase gamma subunit  35.43 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0857455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1325  hypothetical protein  34.38 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0076  malonate decarboxylase, gamma subunit  34.97 
 
 		 233 aa  63.5  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.658515 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1078  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.89 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2495  hypothetical protein  27.62 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5371  malonate decarboxylase, gamma subunit  34.33 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278339  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2892  malonate decarboxylase gamma subunit  31.76 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1143  putative malonate decarboxylase gamma subunit  31.09 
 
 		 238 aa  57  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.216529  normal  0.546838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0791  malonate decarboxylase gamma subunit  33.06 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0107616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1765  malonate decarboxylase, gamma subunit  31.16 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4017  malonate decarboxylase gamma subunit  33.33 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2893  malonate decarboxylase gamma subunit  32.23 
 
 		 226 aa  54.7  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187079  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1846  malonate decarboxylase gamma subunit  31.62 
 
 		 232 aa  53.9  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0049  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.87 
 
 		 238 aa  52  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210818  normal  0.0466048 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6854  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.25 
 
 		 238 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3154  malonate decarboxylase, gamma subunit  29.61 
 
 		 238 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0027  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.23 
 
 		 238 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0170  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.1 
 
 		 238 aa  49.3  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.212333  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1162  malonate decarboxylase, gamma subunit  28.87 
 
 		 235 aa  48.9  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.166916 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1244  malonate decarboxylase, gamma subunit  28.65 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58858  normal  0.076268 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0028  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.23 
 
 		 238 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1150  malonate decarboxylase gamma subunit  28.87 
 
 		 235 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.945666  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0791  malonate decarboxylase gamma subunit  28.65 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.107283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1272  malonate decarboxylase gamma subunit  28.65 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00955431  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4415  malonate decarboxylase gamma subunit  27.83 
 
 		 235 aa  46.2  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.664444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2047  malonate decarboxylase, gamma subunit  29.57 
 
 		 235 aa  43.9  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3189  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.61 
 
 		 245 aa  42.7  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.620399 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>