143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3759 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3759  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 140 aa  278  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3460  ribonuclease P protein component  92.86 
 
 		 140 aa  237  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0002  ribonuclease P protein component  87.04 
 
 		 131 aa  189  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.699533  normal  0.546638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3615  ribonuclease P protein component  62.22 
 
 		 385 aa  166  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3462  ribonuclease P protein component  72.81 
 
 		 166 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0165621  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  56.56 
 
 		 169 aa  128  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000456921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3988  ribonuclease P protein component  52.27 
 
 		 161 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4464  ribonuclease P  52.27 
 
 		 139 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0853749 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0302  ribonuclease P protein component  49.62 
 
 		 155 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0105  ribonuclease P protein component  49.62 
 
 		 136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3399  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.234907  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3237  ribonuclease P protein component  49.61 
 
 		 155 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.254569  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2846  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.752825  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2239  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0091  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3552  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  50 
 
 		 153 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2551  ribonuclease P protein component  50.82 
 
 		 153 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3165  ribonuclease P protein component  50.82 
 
 		 153 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46639  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6522  ribonuclease P protein  50 
 
 		 153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3156  ribonuclease P protein component  59.78 
 
 		 153 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3183  ribonuclease P protein component  50 
 
 		 153 aa  106  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.204926 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  46.94 
 
 		 127 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2333  ribonuclease P protein component  51.14 
 
 		 120 aa  82  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  48.35 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3101  ribonuclease P protein component  38.71 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0709516 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  39.8 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3827  ribonuclease P protein component  35.2 
 
 		 135 aa  60.1  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  35 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  33.61 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  32.31 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  31.82 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  32.31 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4795  hypothetical protein  44.87 
 
 		 176 aa  57  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 		 120 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  37.93 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  33.61 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4387  hypothetical protein  32.89 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000465918 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  40.48 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  40.48 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  42.35 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  37.17 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  39.29 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  40.48 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  41.3 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  46.55 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  33.33 
 
 		 118 aa  50.8  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  40.24 
 
 		 115 aa  50.4  0.000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  35.23 
 
 		 132 aa  50.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  38.55 
 
 		 123 aa  50.4  0.000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  39.29 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  35.23 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000556747  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  38.55 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  36.9 
 
 		 135 aa  48.1  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  34.09 
 
 		 118 aa  48.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  31.25 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  34.78 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  39.51 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5014  hypothetical protein  32.54 
 
 		 127 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  38.89 
 
 		 114 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000348711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000190839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000021378  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000794478  unclonable  0.00000000000188803 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  38.89 
 
 		 114 aa  47  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  32.95 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  34.23 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  36.9 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000166605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  36.67 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  32.94 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  39.29 
 
 		 119 aa  46.2  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  32.94 
 
 		 120 aa  46.2  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000742435  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  34.21 
 
 		 116 aa  46.2  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  31.11 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  34.12 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  34.48 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  34.94 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000396678  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  35.37 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  39.29 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  38.1 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  34.94 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  34.94 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  34.94 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  34.94 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  37.93 
 
 		 86 aa  45.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  34.52 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>