143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3460 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3460  ribonuclease P protein component  100 
 
 
140 aa  278  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3759  ribonuclease P protein component  92.86 
 
 
140 aa  236  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0002  ribonuclease P protein component  88.89 
 
 
131 aa  194  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.699533  normal  0.546638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3615  ribonuclease P protein component  64.44 
 
 
385 aa  174  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3462  ribonuclease P protein component  73.68 
 
 
166 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0165621  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  57.85 
 
 
169 aa  130  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000456921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3988  ribonuclease P protein component  53.03 
 
 
161 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4464  ribonuclease P  53.03 
 
 
139 aa  127  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0853749 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0302  ribonuclease P protein component  49.62 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0105  ribonuclease P protein component  49.62 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3237  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 
155 aa  111  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.254569  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3399  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 
136 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.234907  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2846  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 
136 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.752825  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2239  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 
136 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0091  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 
136 aa  110  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3552  ribonuclease P protein component  48.85 
 
 
136 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6522  ribonuclease P protein  50.41 
 
 
153 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3183  ribonuclease P protein component  50.41 
 
 
153 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.204926 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2551  ribonuclease P protein component  50.41 
 
 
153 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3165  ribonuclease P protein component  50.41 
 
 
153 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46639  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  49.59 
 
 
153 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3156  ribonuclease P protein component  58.7 
 
 
153 aa  103  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000128302 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  47.96 
 
 
127 aa  85.5  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2333  ribonuclease P protein component  51.14 
 
 
120 aa  82.8  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  42.15 
 
 
123 aa  77.8  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  39.8 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  34.43 
 
 
128 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  35.54 
 
 
119 aa  63.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 
123 aa  61.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  31.06 
 
 
162 aa  60.1  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  41.67 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  41.67 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  37.93 
 
 
119 aa  58.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3101  ribonuclease P protein component  38.46 
 
 
101 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0709516 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  32.79 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  32.56 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  32.56 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3827  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 
135 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4795  hypothetical protein  42.35 
 
 
176 aa  57  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  42.35 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  31.78 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  44.58 
 
 
130 aa  55.5  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  31.82 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  40.48 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  42.39 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 
123 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  40.24 
 
 
115 aa  52.8  0.000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  46.55 
 
 
130 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 
133 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  39.29 
 
 
133 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  32.54 
 
 
118 aa  51.6  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  35.16 
 
 
117 aa  51.2  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 
123 aa  50.8  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  36.9 
 
 
135 aa  50.8  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  35.23 
 
 
132 aa  50.8  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  39.51 
 
 
116 aa  50.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4387  hypothetical protein  31.76 
 
 
156 aa  50.1  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000465918 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  38.89 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  38.89 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  34.23 
 
 
119 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  39.29 
 
 
119 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  35.23 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000556747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000396678  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  34.21 
 
 
116 aa  48.1  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  36.9 
 
 
119 aa  48.1  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000166605  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  34.09 
 
 
118 aa  48.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  39.29 
 
 
119 aa  48.1  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  34.48 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  34.52 
 
 
117 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  31.11 
 
 
117 aa  47.8  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  36.67 
 
 
123 aa  47.4  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  37.93 
 
 
86 aa  47  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000599062  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5014  hypothetical protein  40.26 
 
 
127 aa  47  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  38.1 
 
 
119 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  28.07 
 
 
115 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  47  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  30.93 
 
 
122 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  37.68 
 
 
126 aa  46.2  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000213724  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000348711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000794478  unclonable  0.00000000000188803 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000190839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  32.95 
 
 
118 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000021378  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  32.94 
 
 
119 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  34.12 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>